סוגיית ירושלים נדונה בשיחות המדיניות עם הפלשתינים ובאחד הדיונים התגלעה מחלוקת בין ראש צוות המשא-ומתן של ישראל, השרה
ציפי לבני, לבין שליחו של ראש הממשלה, העורך דין יצחק מולכו, בשאלת גודל השטח, שיוגדר לתנועה חופשית של ישראלים ופלשתינים בירושלים. מולכו ביקש לצמצם את השטח ככל האפשר ולהחילו רק במזרח ירושלים, ואילו לבני הפגינה גמישות רבה בעניין זה. כך דווח (יום ג', 5.11.13) בקול ישראל.
על-פי הדיווח, במשא-ומתן על הגבולות, עמדת הפתיחה של ישראל היא תוואי מכשול ההפרדה ולא קווי 67', כפי שדרשו הפלשתינים. ישראל מבקשת להשאיר ברשותה לא רק את גושי ההתנחלויות, אלא גם התנחלויות שמחוץ להם, כגון פסגות ובית-אל. לפלשתינים נאמר כי בקעת הירדן תישאר בידי ישראל וכך גם מקורות המים. עם זה, יוכלו הפלשתינים לרכוש מים מישראל.
15 פגישות עד כה התקיימו בירושלים וביריחו 15 פגישות בין ראשי הצוותים של המשא-ומתן. כל פגישה נמשכה 4-3 שעות, ובשבועות האחרונים משתתף המתווך האמריקני מרטין אינדיק בחלקה האחרון של כל פגישה, ומקבל דיווחים מהצוותים על מהלך השיחות.
גורם בלשכת ראש הממשלה נתניהו המעורה בפרטי המשא-ומתן מכחיש את הדיווח בעניין הגבולות. בעניין ירושלים אמר הגורם כי ישראל הבהירה לפלשתינים, שירושלים תישאר מאוחדת בריבונות ישראלית בגבולותיה הנוכחיים. בלשכתה של השרה לבני סרבו להתייחס לתוכן הדברים, אך אומרים כי מדובר בדיווח לא-מבוסס של גורמים המעוניינים לפגוע במשא-ומתן. הלשכה הבהירה שלבני ומולכו עובדים בתיאום ובשיתוף פעולה מלא. לבני עצמה אמרה: "הפטפטת סביב המו״מ עולה מדרגה. מישהו אומר משהו ששמע, אחר מכחיש והשלישי תורם פרשנות. הסקרנות מובנת, אבל לשקט יש תפקיד חשוב בהצלחת המשא-ומתן".
השר ישראל כ"ץ (ליכוד) אמר: "אני מחויב לאחריות הממשלתית ואני מתנגד לחלוקת ירושלים או לפגיעה כלשהי בריבונותנו בעיר. אם הפרסומים נכונים ולציפי לבני יש עמדה אחרת אז שתניח את המפתחות ותלך הביתה. היא לא יכולה לייצג אותנו במו״מ. אין לה גיבוי בממשלה ואין לה מנדט מהציבור".
