יוחנן הורקנוס, נכדו של מתתיהו, הביס את השומרונים והחריב את המקדש השומרוני בהר גריזים. זה היה היום לפני 2122 שנים.
השומרונים היו קבוצה אתנית שהאמינה בצורה כלשהי של מונותאיזם אולם דחתה את הפרשנות הרבנית למקרא. מתח עמוק שרר בין השומרונים לבין היהודים מאז השיבה מגלות בבל. קהילה שומרונית קטנה עדיין מתגוררת סמוך לשכם על הר גריזים.
