לא רק פסולת בניין או פגרי בעלי חיים מושלכים לאתרי אשפה פיראטיים ברחבי הנגב. כעת ישנה תופעה מתרחבת של שפיכת שפכים ביתיים, חקלאיים ותעשייתיים בשטחים פתוחים או במערכות ביוב שלא הוכשרו ואושרו לצורך טיפול בשפכים כאלה. הדבר גורם הן למפגעים סביבתיים ותברואתיים קשים והן נזק אדיר למערכות הביוב הללו המוערך במיליוני שקלים.
כל בית עסק מייצר שפכים, בין אם מדובר בתחנות דלק, מסעדות, בתי מלון, רפתות ולולים המייצרים שפכים מסגים שונים. על-פי החוק לטיפול בשפכים, על בעל העסק לפנות את השפכים למתקן טיהור, שכן הם מהווים סכנה לסביבה ולאדם. בפועל, המציאות בנגב שונה לחלוטין.
מפקח יחידת הפיקוח של המשרד להגנת הסביבה והרשויות המקומיות טוען כי מה שקורה באזור הנגב הפך בחודשים האחרונים לתופעה כלל ארצית - בעל העסק מזמין ביובית מקבלן ומשלם לו עבור שאיבת השפכים. בעל הביובית רוצה לחסוך לעצמו את הכניסה למתקן הטיהור ולכן שופך את הנוזלים המזהמים בשטח פתוח או היישר לתוך צינורות הביוב הביתי.
באחרונה ניזוקו שתי משאבות במועצה האזורית שדות נגב אשר מובילות את הביוב למכון הטיהור, לאחר שקבלן ביוב שפך את השפכים שהוביל היישר למערכת הביוב. מאחר שהיה מדובר בחומר שהכיל חומצה רעילה, ניזוקו שתי המשאבות באופן קשה.
גם בתחום פינוי הפסולת מרפתות לטובת יצור קומפוסט רווחת התופעה. חפערים עם משאית ושופל מפנים לרפתנים את גללי הפרות ללא עלות. את התכולה הם שופכים בשטח פתוח ומוכרים לחקלאים בתור קומפוסט. הישארות מכוני טיהור השפכים והאתרים ליצור קומפוסט ריקים, משמעה חגיגה לעבריינים.