בימים אלו מסיימת רכבת ישראל את העבודות האחרונות והבדיקות הסופיות להכשרת המסילה לפעילות. בהתאם לכך, תנועת הרכבות תשוב לפעול בקטע זה החל ממוצאי השבת (11.1.14). בקטע ששוקם תוגבל מהירות הרכבות, עד שיוכח כי אין תזוזות בקרקע ובמסילה, בשל כמות המים העצומה שנספגה. בהתאם לכך, עד להודעה חדשה, רכבות הנוסעים מתחנות מודיעין ונתב"ג, תצאנה 3 דקות לפני השעה הנקובה בלוחות הזמנים. רכבות הנוסעים מת"א לנתב"ג ומודיעין תצאנה כרגיל, על-פי הלו"ז הקיים. לקוחות הרכבת שרכשו לחודש דצמבר כרטיסים מסוג רב קו גמיש 30 ורב קו גמיש 7 מתחנות מודיעין ונתב"ג, זכאים להאריך את תוקף כרטיסם בסך כל הימים בהם לא ניתן שירות רכבתי מתחנות הרכבת הסגורות. על-מנת להקל על ציבור הנוסעים לממש זכאות זו, רכבת ישראל תאייש את הקופות בתחנות מודיעין מרכז, פאתי מודיעין ונתב"ג החל ביום חמישי (9.1). הנוסעים יוכלו לממש את זכאותם בקופות במשך כל החודש הקרוב, עד ליום ה-9.2. לפני כשלושה שבועות, במהלך הסופה העזה קרסה דופן של נחל שפירים, העובר מעל מסילת הרכבת, אל תוך קטע המסילה והמנהרות בקו ת"א-נתב"ג-מודיעין. כתוצאה מכך, הוצפה המסילה בכמות של כ-250 אלף קוב מים, לאורך של כ-2 ק"מ, מהם 700 מטר בתוך 3 מנהרות רכבת, כאשר מפלס המים הגיע בשיאו עד לגובה של כ-8 מטר. לאחר סיום שאיבת המים, התברר כי ההצפה המאסיבית פגעה קשות הן בתשתית המסילה והן במערכות החשמל והתקשורת. רכבת ישראל נאלצה להחליף כ-300 מטר של מסילות רכבת ולשקם את רבד החצץ עליו מונחת המסילה. בנוסף, הוחלפה כל מערכת החשמל, הלוחות האלקטרוניים ו-14 מפוחים המצויים במנהרות לצורך אוורור. במסגרת העבודות לשיקום המסילה, שופרו תשתיות הרכבת ונבנתה תשתית חזקה יותר לאפיק נחל שפירים במקום הממשק עם מסילות הרכבת. עבודות השיקום נעשו במהירות והן בוצעו בשותפות עם כ-10 מתכננים מומחים בתחומים שונים. העבודות בוצעו מסביב לשעון וכללו בין היתר יציקת כ-1,000 קוב בטון לצורך הסדרת הנחל לאורך 250 מטר, שיקום מערכת הניקוז, באורך של 1 ק"מ והחלפת מחשבים, ציוד תקשורת וסימנורים.