גופי המודיעין הישראלים אוסרים על המשרתים בהם להצטרף לפיילוט המאגר הביומטרי. כך פרסם העיתונאי דרור גלוברמן. מדובר בהוראה גורפת שהופצה בקרב עובדי שירות הביטחון הכללי והמוסד ובקרב גופים צה"ליים, אשר אוסרת עליהם למסור טביעות אצבעות לצורך הוצאת תעודת זהות 'חכמה'.
במהלך השנה האחרונה, כל אזרח ישראלי המבקש לחדש את תעודת הזהות שלו או להנפיק תעודת זהות חדשה יכול לבחור האם להנפיק תעודה רגילה או תעודה חכמה שכוללת את הנתונים הביומטריים שלו. הנתונים שמורים על שבב המצוי בתוך התעודה ומאפשרים לוודא את ההתאמה בין התעודה לבין נושאה.
הקמת המאגר הביומטרי מלווה בביקורת קשה מצד גורמים החוששים לדליפת הנתונים הביומטריים מן המאגר וזליגתם לידי עבריינים או גורמים עוינים. בשנים האחרונות נפרצו מאגרי מידע ממשלתיים רבים ובהם מאגר אגרון עם כלל המידע על האזרחים ממשרד הפנים.
ההנחיה של מערכת הביטחון לאנשיה עשויה להעיד על חששות שיש בקרב ראשי המערכת מפני האפשרות של דליפת המידע הביומטרי באופן שיסכן את פעולות שירות הביטחון הכללי והמוסד ובשל כך - את ביטחון ישראל. ייתכן גם שמערכת הביטחון, שכבר עשתה בעבר שימוש בתעודות מזויפות של מדינות ידידותיות, מעוניינת למנוע את האפשרות של זליגת המידע על-אודות סוכניה לידי גורמי הביטחון של אותן מדינות.
כך או כך - הרי שהחשש הזה מצטרף לחששות של הגורמים האזרחיים המעוניינים למנוע את האפשרות של זליגת המידע הביומטרי בשל הפרת הפרטיות הקשה.
מדובר צה"ל לא נמסרה תגובה ולא ניתן הסבר להנחייה שניתנה לגופי המודיעין.
