במהלך העשור האחרון ירד שיעור העולים לישראל, וחלו שינויים במאפייניהם. בה בעת השתנו דפוסי העבודה שגובשו בין הממשלה והסוכנות: שינויים אסטרטגיים בפעילות הסוכנות, שהחלה להתמקד בחיזוק הזהות היהודית, ושינויים בפעילות הממשלה, שהחלה לפעול לעידוד העלייה באמצעות תמיכה בארגונים - מיקור חוץ של עידוד העלייה. בשנים אלה גם נשחקו שיתוף הפעולה והתיאום בין המשרד, האמון על נושא עידוד העלייה מטעם הממשלה, לבין הסוכנות. כך עולה מביקורת שערך משרד
מבקר המדינה.
עוד נמצא כי אף שהממשלה העלתה כבר בשנת 2009 את הצורך לבחון את אופן שיתוף הפעולה בינה לבין הסוכנות, בין השאר בשל השינויים האסטרטגיים המתבצעים בסוכנות, הצוות שהוקם לצורך כך באותה שנה לא הגיש המלצות בנושא לוועדת התיאום כנדרש, וכי בחינה זו טרם הסתיימה.
אפקטיביות כושלת ממצאי הדוח מעלים ספק בדבר האפקטיביות של פעולות המשרד בכל הנוגע למיצוי פוטנציאל העלייה: המשרד לא פעל די לעודד עלייה בקרב בוגרי תוכניות לחיזוק זהות יהודית, הממומנות גם מתקציב המדינה, ובפרט בקרב בוגרי פרויקט מסע השוהים בישראל עם תום הפרויקט. גם מיקור חוץ של עידוד העלייה באמצעות מתן תמיכה לארגונים ספק אם הוא אפקטיבי. כמו-כן הקצאת כספי ההתמיכות לאוכלוסיית היעד במדינות השונות לא נבדקה.
כך נמצא כי קיימת הקצאת חסר של משאבים לעידוד העלייה מצרפת לעומת הקצאת המשאבים לעידוד העלייה מארצות הברית, בהתחשב בפוטנציאל העלייה בכל אחת מהמדינות. כך בשנת 2012 היה שיעור העולים ביחס לגודל הקהילה היהודית בצרפת גדול פי 7 מזה שבארצות הברית, אולם שיעור התמיכה שנתן המשרד בגין עולים מארצות הברית היה פי 25 מזה שניתן בגין עולים מצרפת.
ללא תוכנית אסטרטגית מעבר לכך, נמצא כי המשרד פועל ללא כל תוכנית אסטרטגית לעידוד העלייה, למרות הצורך הרב בתוכנית זו וזאת לאור השינויים שחלו בעשור האחרון ביחסי ישראל והתפוצות ובשל השינויים בדפוסי העבודה בין הממשלה לסוכנות.
לאור הממצאים, ממליץ משרד המבקר כי
על הממשלה לבחון מחדש את יחסי עבודתה עם הסוכנות בכל הנוגע לעידוד העלייה, את חלוקת התפקידים ביניהן וכן את שיתוף הפעולה בין המשרד לסוכנות ותפעל להסדרתם באמצעות ועדת התיאום. על משרד ראש הממשלה ומשרד העלייה והקליטה להסדיר את יחסי העבודה ביניהם בתחומי הפעילות שבהם לשני המשרדים יש עניין.
על המשרד לבחון את פעולותיו לעידוד העלייה באמצעות הארגונים, את האפקטיביות שלהם, את פעילות הפרויקטורים ואת הדרכים לעידוד העלייה בקרב בוגרי מסע. על המשרד לגבש תוכנית אסטרטגית לעידוד העלייה אשר תוגש לאישור הממשלה. מן הראוי שתוכנית כזו תתבסס, בין שאר רכיביה, על מיפוי של אוכלוסיית היעד במדינות השונות ושל האמצעים והמשאבים הקיימים וכי ישולבו בה מדדי ביצוע שיאפשרו לעקוב אחר האפקטיביות שלה; הכול במטרה לנצל טוב יותר את פוטנציאל העלייה למדינת ישראל באשר העלייה היא אחת מאבני היסוד של המדינה.
