עמותת ישיבת נתיבות התורה תפורק, בשל דיווחים כוזבים על מספר תלמידים ואי-סדרים כספיים. כך החליט (17.7.14) נשיא בית המשפט העליון.
רשם העמותות ביקש לפרק את העמותה, המפעילה ישיבה לנוער חרדי שנשר מהמסגרות הרגילות ואף מכוונת אותם לשירות צבאי. לדברי הרשם, משרד החינוך - המעניק לישיבה תמיכה לפי מספר תלמידיה - לא מצא כל פעילות בשתי כתובות שלה, ואילו בכתובת שלישית נמצאו שני תלמידים בלבד לעומת 42 עליהם נמסר לו. המשרד דחה את הסבריה של הישיבה והפסיק את התמיכה, שהסתכמה ב-356,000 שקל בשנת 2010.
עילה שנייה לבקשת הפירוק הייתה דוח של משרד רואי חשבון, אשר העלה חשש שכספי התמיכה לא משמשים רק למטרות להן נועדו, מצא מקרים של הסבת המחאות וקבע שמנגוני הניהול והבקרה שלה אינם משביעי רצון. בית המשפט המחוזי בירושלים דחה את הבקשה, אך גרוניס קיבל את ערעורו של הרשם תוך שהוא אומר, שהשופט
דוד מינץ סטה מההלכות שקבע בית המשפט העליון בנושא זה.
מינץ סבר, כי ניתן להורות על פירוק עמותה רק כאשר הקשיים והאי-סדרים בה "עלו לדרגה בלתי נסבלת בעליל". גרוניס אומר, כי די בקיומן של ראיות מספיקות לכך שפעילות העמותה עומדת בניגוד למטרותיה ולתקנונה, או בניגוד לעקרונות יסוד של הגינות ומינהל תקין. הוא מדגיש, כי לא כל סטייה מכללים אלו תצדיק פירוק, אך על עמותה הנהנית מכספי ציבור חלים סטנדרטים מוגברים של הגינות, שקיפות ומינהל תקין. במקרה הנדון, קובע גרוניס, די בממצאים שהוצגו כדי להצדיק את פירוק העמותה.
השופט
נעם סולברג אומר, כי התלבט לפני שהסכים עם גרוניס, בשל חשיבות פעילותה של הישיבה, אך לבסוף הגיע למסקנה שלא ניתן לנקוט בצעדים חמורים פחות (שלילת התמיכה, כפי שקבע מינץ), בשל הכזבים והליקויים הנוספים שהתגלו בעמותה. סולברג מצטט באריכות מדבריו של הרב משה פינשטיין, בכיר הפוסקים בארה"ב בדור הקודם, בדבר הפסול שבנטילת כספים שלא כדין מן הממשלה המקומית, דבר שהוא "כנגד כל תכלית הישיבות והלימוד שם להתלמידים - להיות יראי ה' באמת ולהיזהר באיסורי ממון ביותר".
השופט
יצחק עמית הסכים עם גרוניס. את רשם העמותות ייצגה עו"ד אפרת ברנר (הורביץ), את העמותה ייצגו עוה"ד שמואל זוסמן ויעקב אמסטר, ואת הכנ"ר - עוה"ד טובה פריש ואירית רפאל.