השירותים הווטרינרים במשרד החקלאות ופיתוח הכפר מתווים כללים לאזרחים החפצים לקיים את מנהג הכפרות. הכללים מאפשרים את קיום המנהג עתיק היומין לצד מניעת הסיכון לבריאות הציבור העלול להיגרם כתוצאה משחיטה ללא פיקוח וטרינרי, ותוך צמצום הסבל הנגרם לעופות למינימום. הכללים נכתבו כדי למצוא את האיזון בין שמירה על בריאות הציבור ורווחת העופות לבין הרצון לקיים את המנהג.
על-פי הנחיות המשרד, הובלת עופות תיעשה בהתאם לכל דין, ובכלל זה תקנות מחלות בעלי חיים - הסדרת תנועת בעלי חיים בישראל, ותקנות צער בעלי חיים - הגנה על בעלי חיים להובלת עופות. ברכב שאושר להובלת בעלי חיים ובנוכחות משגיח הובלה, שעבר קורס ייעודי במשרד החקלאות לנושא. במקום בו יתקיים טקס הכפרות יתקיימו תנאי הצללה והגנה מפני גשם, זרימת אוויר דרך הכלובים, צינון ובידוד מרעשים חזקים, כפי שקבוע בתקנות צער בעלי חיים להובלת עופות.
אתר קיום טקס הכפרות יאושר מראש על-ידי הרופא הווטרינר הרשותי. לאחר טקס הכפרות יובלו העופות ללא דיחוי וללא תחנות ביניים למשחטת עופות מורשית. המשרד אוסר לשחוט עופות במקום קיום מנהג הכפרות, כחלק מהרצון לשמור על בריאות הציבור ורווחת העוף. למותר לציין, כי במשחטות קיימים תנאים מתאימים לשחיטת עופות, וכן פיקוח ובדיקה וטרינרית של כל עוף ועוף.
