בהמלצות ועדת שמגר (בעקבות הטבח שביצע ברוך גולדשטיין במערת המכפלה) בנוגע לאכיפת החוק ביהודה ובשומרון נקבע, כי מתחייבת הגדרה מדויקת של תפקידי המשטרה ביו”ש בנוגע לעבירות בנייה ולהגנת הסביבה. אולם למרות שחלפו 20שנה מפרסום המלצות אלה, אין עדיין הגדרה מדויקת של תפקידי המשטרה באיו"ש. וזאת למרות הערות דוח מבקר המדינה 63 ב' (2012). המבקר יוסף שפירא העיר בדוח כי המשטרה ויחידת הפיקוח של המינהל האזרחי מסרבות לטפל במישור הפלילי בעברות של תכנון ובנייה ולפעול נגד עבריינים ישראלים ופלשתינים בתחום זה בטענה שהנושא אינו באחריותן. משמעות הדברים היא, כי אין באיו"ש גוף המופקד על חקירת עברות של תכנון ובנייה במישור הפלילי, והדבר תורם להנצחת המצב הקיים של "איש הישר בעיניו יעשה" בתחום זה. בעקבות הביקורת, המליצה מערכת הביטחון להעלות את הנושא כהצעה להחלטה בין-משרדית במסגרת ועדת השרים לביקורת המדינה, בה ישותפו כוחות צה"ל, מתאם פעולות הממשלה בשטחים והמשרד לביטחון הפנים. זאת לאחר שבדיונים בראשות שר הביטחון עלה כי כוחות צה"ל אינם ערוכים לפעילויות שיטור שגרתיות אזרחיות, ואלה צריכות להיות מעניינה של משטרת ש"י. הבעיה, לדעת מערכת הביטחון, היא שאין למשטרה די כוחות לביצוע משימותיה וקיים צורך בהגדלת התקינה של השוטרים במחוז. במשטרת ישראל מנגד אומרים כי היא אינה נוהגת לפתוח בחקירה או להעמיד עבריינים לדין בתחומים של עבירות בנייה וסביבה גם ביתר הארץ, וכי בתחומים אלה סמכות החקירה וההעמדה לדין מסורה לגורמים מקצועיים. לדבריה, באיו"ש פועלים בתחומים אלה גורמים מקצועיים של המינהל האזרחי. עוד אומרת המשטרה כי ככל שגורמים אלה הם נעדרי הסמכות או הכשרות מתאימות הרי שיש להסדיר את הדבר, אך אין מקום להטיל אחריות זו על המשטרה הנעדרת ידע מקצועי נדרש ומשאבים למילוי המשימה. בנוגע לאחריות הטיפול בעברות פליליות בתחום הגנת הסביבה, מציינים במשרד הביטחון שלאחרונה החלה פעילות יחידת "יהלום" של רשות הטבע והגנים בתיאום הצבא. במספר מקרים שבהם הוגשו תלונות בנושא הגנת הסביבה, לא היה מענה משטרתי שהביא להגשת כתבי אישום והעמדה לדין. פקחי יחידת הפיקוח של המינהל אינם מורשים לערוך חקירות פליליות בתחום זה. הוחלט לקבוע גבולות גזרה ותחומי אחריות, וצה"ל אף פעל לרתום את מפכ"ל המשטרה לנושא, וזה הנחה על פיקוח על הטובין שנכנס לאיו"ש במעברים בתדירות של אחת לחודש. המינהל האזרחי באמצעות יחידת איכות הסביבה ויחידת הפיקוח, ביצע החרמות של משאיות שנתפסו שופכות פסולת או נעות עם פסולת ללא אישור של קמ"ט איכות הסביבה ברחבי איו"ש. במהלך השנים נדונו בבג"ץ עתירות של מפעילי מפחמות של פלשתינים באזור C נגד כוונת המדינה לאכוף נגדם צווי הריסה ופינוי. בית המשפט דחה את בקשת העותרים וסקר בפסק דינו את הצעדים המנהליים אותם רשאי המינהל לנקוט נגד פעילות המפחמות. במשטרה מדגישים כי בית המשפט לא הזכיר בהחלטתו אפשרות של חקירה פלילית והעמדה לדין.