רשות המיסים העניקה הסדרי מס חריגים לבד"צים חרדיים שונים, ובכך פטרה אותם מתשלומי מיסים בעשרות מיליוני שקלים. כך קובע (יום ד', 29.10.14)
מבקר המדינה,
יוסף שפירא.
בישראל פועלים יותר מ-20 גופי כשרות פרטיים, העוסקים לא רק במתן הכשר למזון, אלא גם במתן הכשר הלכתי בתחומים אחרים, כמו השקעות פיננסיות. פעילותם הכספית של גופים אלו נאמדת במאות מיליוני שקלים. הבד"צים אינם כפופים לכללי אסדרה או שקיפות: מחיריהם אינם מפוקחים, וחלקם אינם מאוגדים והם אינם חייבים בדיווח למשרד לשירותי דת. לפיכך אין לרשויות המדינה מידע לגבי פעילותם והכנסותיהם. בהעדר מידע כזה, היה מצופה מהרשות לאתר את עשרות גופי הכשרות הפרטיים ולהכלילם ברשת המס. אולם הדבר לא נעשה.
"תמיכה ברבנים" בלי קבלות משרד המבקר בדק הסדרי מס חריגים בין שני משרדי שומה (ירושלים 3 וגוש-דן) ובין חמש חברות ועמותות הקשורות לבד"ץ מסוים. הסכמים אלו כללו הכרה בהוצאות בהיקף מצטבר של עשרות מיליוני שקלים (החל משנת 2000), בלא שהחברות והעמותות המציאו אסמכתאות בדבר הוצאות אלה כנדרש בחוק. משמעות הסדרים אלו היא הקטנת מס החברות על רווחי חברות ועמותות אלה ומתן פטור מניכוי מס במקור למי ששולמו להם הכספים. בכך קבעו פקידי השומה מתווה של אפליית מס פסולה.
בד"ץ זה פעל בעשור האחרון באמצעות כמה עמותות וחברות. עד שנת 2000 סיפק בד"ץ זה שירותים באמצעות שתי עמותות. לאחר מכן הוקם מבנה מס המבוסס על שלוש חברות, וזה זיכה אותן בהקלות מס מפליגות - וגם בהסדרי מס חריגים. כך למשל, אחת העמותות שילמה מס רק על 6 מיליון שקל מהכנסותיה שהוגדרו כהכנסה עסקית - 13.5% בלבד ממחזורה. לעמותה השנייה הכיר פקיד שומה ירושלים 3 ב"הוצאות מוניטין" בסך 11 מיליון שקל.
בהמשך נחתמו הסכמים לשנים 2018-2009 עם הבד"ץ, שהכירו במבנה המס החריג שלו, ובין היתר פטרה הרשות עשרות מיליוני שקלים נוספים ממס, בשל משיכות של "דמי זיכיון" או "מוניטין" על-ידי קבוצה בלתי מזוהה של רבנים. חברה אחרת של הבד"ץ ביקשה וקיבלה הכרה ב-35% ממחזורה כ"הוצאות תמיכה לרבנים" - ללא כל תיעוד על טיבן. רשות המיסים לא נגעה בתיק שלה בשנים 2009-2001, וכך לא ניתן היה לטפל בהוצאות תמיכה בסך 12 מיליון שקל משום שהן התיישנו.
הכנסה חייבת של 0.5% בד"ץ מסוים, הנחשב לאחד ממפעלי הכשרות הגדולים בארץ, פועל באמצעות חברה. חברה זו דיווחה בשנים 2010 ו-2011 על מחזור של 6 מיליון שקל בכל שנה, ועל הכנסה חייבת במס של 40,000 שקל-27,000 שקל בהתאמה (0.5% מהמחזור בממוצע). לחברה נקבעו שומות בהסכם לשנים 2008-2001 ולפיהן עמד סכום המחזור השנתי על 4.8 מיליון שקל בממוצע, וההכנסה החייבת השנתית עמדה על 126,000 שקל בממוצע (2.6% מהמחזור הממוצע). החברה גם זכתה להנחה בניכוי המס במקור לתושבי החוץ שהיא מעסיקה: 12.5% בלבד במקום 25%.
משרד השומה ירושלים 3 התחיל לבדוק את תיקו של מנהל בד"ץ אחר ואף זימן בשנת 2008 את נציגו לדיון שומות. בידי הרשות היה מידע משנת 2003 ממנו עולה, כי בחשבונות הבנק של המנהל נמצאו 11 מיליון שקל, למרות ששכרו השנתי היה 100,000 שקל. מידע זה נזנח ולא טופל עד לשנת 2007. בטיפול השומתי שנעשה לאחר מכן לא קיבל פקיד השומה את גרסת המנהל לגבי מקורם של כספים אלה, אך הרשות לא השלימה את בדיקותיה לגבי תיקו האישי ולגבי התאגידים הקשורים אליו, ולא בדקה את הקשר בין הגידול בהונו של המנהל ובין פעילות הבד"ץ.