הוועדה לביקורת המדינה בכנסת, דנה (יום ד', 5.11.14) בדוח
מבקר המדינה על השינויים הארגוניים במשרד הביטחון. יו"ר הוועדה, ח"כ
אמנון כהן, אמר לאחר הדיון כי "רואים בחיוב את התנהלות משרד הביטחון, שהוא המשתפר ביותר בין משרדי הממשלה ומתייחס ברצינות לדוחות מבקר המדינה ולהערותיו, והגרוע בין משרדי הממשלה הוא האוצר, אלוף הזלזול, חוסר היעילות, הספינים ואי-תיקון הליקויים".
יוסי ביינהורן, ראש חטיבת הביטחון במבקר המדינה, אמר כי במשרד הביטחון עובדים למעלה מ-2,200 עובדים, אך יש לעבודתו השפעה רבה על שאר המשרדים. "השינויים שערך לא היו מספיקים בתהליכי עבודת המטה, בניירות העמדה, והתנהלו ללא אמות מידה בלי הגדרת תכלית השינויים, מה היקף החיסכון ואם בכלל יירשם חיסכון כזה. המשרד איחד שני אגפים, וזיהינו שאיחוד זה בעייתי מבחינת האיזונים והבלמים שבתוכו. בעלי תפקידים איבדו את יכולתם להשפיע, ונציבות שרות המדינה לא בחנה את השינויים, ולא אישרה אותם".
רוני מורנו, משנה למנכ"ל משרד הביטחון, השיב כי "עשינו ב-2010 מהלך דרמטי של פרישה מרצון, בו פרשו למעלה מ-270 עובדים. היינו חייבים להתייעל, ובין השינויים שביצענו יצרנו אגף חדש 'הנדסה ובינוי', המשלב גוף צבאי ואזרחי, ובתוך התהליך הגדול נכלל גם שינוי ארגוני. בעצם הקמת יחידת המשנה למנכ"ל, אוחדו מחדש כל גורמי המטה ובוצעה הפרדת סמכויות והשגת איזונים ובלמים כפי שהמליץ המבקר".
ח"כ
אורית סטרוק (הבית היהודי) הוסיפה כי כי היא "מלאת הערכה למשרד הביטחון על רצינות הטיפול בדוח, אך מזעזע שהיה צריך דוח מבקר כדי לטפל בדברים פשוטים כל כך. אנו נותנים למערכת הביטחון אשראי ואמון רב מראש, והדבר מעורר מחשבות על ההתנהלות בעבר".
שלום גנצר, הממונה על ענייני ביקורת המדינה במשרד הביטחון הוסיף כי "המנכ"ל המכהן הורה לכתוב מתודולוגיה לביצוע שינויים ארגוניים. זו פורסמה כהוראת שעה, ובהמשך, לאחר שנלמד ונתחקר את יישומה - נפרסם אותה כהוראת משרד הביטחון לרבות תיאום נוהלי עם הנציבות. בנוסף קידמנו תהליך אישור תיאום מקדמי בין המנכ"ל לשר, וכל שינוי אירגוני מחייב כעת הצגה לשר וקבלת ברכתו. בנוסף, על-מנת לשלוט בהעסקת יועצים, הוקמה חטיבה להעסקת יועצים השולטת בכל בקשה להעסקת יועץ במשרד ובצה"ל, לרבות בדיקת כישורי היועץ מול הצורך, מניעת
ניגוד עניינים, ותקופות צינון ובקרת תוצרי היועץ. כך אנו יודעים בדיוק איפה וכמה יועצים יש במשרד".
אילה, גונן-אשרי נציגת נציבות שירות המדינה, ציינה כי "אנו בודקים ענייני תקינה ושינוים ארגוניים כמקרה-מבחן במשרדי הממשלה ובכוונתנו לפרסמם במהלך 2015".