ארגון סגל המחקר ברפאל טוען, כי החברה עורכת מכרזים בלתי חוקיים תוך הפרת הוראות ההסכם הקיבוצי והסתרתם מידיעתו. זאת, לטענת הארגון, על-מנת לפגוע בו, להחליש את העבודה המאורגנת ולפגוע בכללי המינהל התקין, בשקיפות ובכללי השוויון וההגינות, שנועדו להבטיח, כי האנשים הראויים ביותר הם אלה שייבחרו לתפקיד.
הארגון פנה לבית הדין האיזורי לעבודה בחיפה, בבקשה לאסור זמנית על רפאל להמשיך במכרזים אלו לתפקידי מחקר או משרות מחקר. לטענת הארגון, בהסכם הקיבוצי שנחתם בשנת 2000 נקבע מפורשות, כי אם תחליט החברה לקיים מכרז לצורך איושה של משרה מסוימת, חובה עליה להודיע לו על כך, לאפשר לו למנות נציג לוועדת המכרזים וממילא לערב אותו באופן מלא בכל התהליך.
ואולם, טוען הארגון, ההנהלה מפרה את ההסכם בכך שהיא אינה מעבירה לו מידע על המכרזים המתקיימים או שכבר התקיימו, וממילא מפרה את חובתה לאפשר לו למנות נציג בוועדת המכרזים באופן המבטיח תקינות ושקיפות של התהליך. לאחרונה, הוא טוען, התנהלו בצורה כזו שני מכרזים שהוסתרו ממנו.
בבקשה, שהוגשה באמצעות עוה"ד
אריאל שמר ו
אשר סלע, נאמר, כי הארגון דרש מן ההנהלה לעצור את הפרות ההסכם הקיבוצי, ואולם ההנהלה מסרה רק לאחר חודש וחצי, כי לא נערכו כלל מכרזים, אלא מדובר בוועדת איתור הפועלת על-פי הנחיות רשות החברות ותקנות החברות הממשלתיות בעניין בחירת פקידים בכירים. לדברי הארגון, תשובה זו רק מגבירה את חששותיו, שכן מבחינה מהותית אין הבדל ממשי בין התקנות בדבר בחירת פקידים בכירים לבין מכרז.
לדברי הארגון, מינוי עובדים למשרות בכירות ברפאל תוך התעלמות ממנו וקיום מכרז בחשאי ומאחורי גבו, גורמים לחשש כבד, כי המכרזים התנהלו באופן בלתי ראוי, לא נשקלו השיקולים הנכונים, ואולי גם לא נבחרו המועמדים הטובים ביותר או הראויים ביותר. טרם הוגשה תגובת רפאל.