ג'ונתן בנק מונה לסגן-מנהל הריגול הנגדי במרכז ללוחמה בטרור (CTC) בסוכנות המרכזית לביון של ארצות-הברית (CIA). גורמים בסוכנות הביון הביע תמיהה לנוכח מינויו, כיוון שבנק, בן 47, הודח לפני כשנה מתפקיד מנהל הפעולות של הסוכנות נגד אירן עקב אווירה לא-נאותה, שהנהיג במחלקתו. חקירה פנימית ארוכה העלתה טענות רבות נגד בנק. הוא הועבר לתפקיד קישור בפנטגון, ונפסק, כי לא יקבל תפקיד ניהולי בסוכנות הביון משך שנה.
בעקבות הרה-ארגון, שעשה
ג'ון ברנן, מנהל סוכנות הביון, הוחזר בנק לסוכנות, ומונה לתפקידו החדש, שבו יהיה אחראי על פעולות נגד אל-קאעידה, נגד דאעש ונגד ארגונים דומים.
בנק היה ראש התחנה של סוכנות הביון בפקיסטן, ושמו נחשף בתביעת פיצויים בפקיסטן בשנת 2010. כתוצאה מכך, נאלץ לעזוב את תפקידו. לפני כחודש הורה שופט פקיסטני להעמיד את בנק ואת ג'ון ריצו, יועץ לשעבר לסוכנות הביון, לדין באשמת רצח בעניין הפעלת כטב"מים לחיסולים ממוקדים.
בנק הספיק לשרת בתחנות הסוכנות בבלקנים, במוסקבה ובבגדד. בשנים 2004-1999 היה עוזרו של ג'ימס פּאוויט, שהיה ראש מנגנון הריגול של הסוכנות, הנקרא מינהל המבצעים.
