המשרד להגנת הסביבה אינו מטפל כראוי בנושא זיהום אוויר ממקורות נייחים ואינו עושה שימוש מיטבי באמצעים ובכלים שהועמדו לרשותו. כך קובע (יום ג', 5.5.15)
מבקר המדינה,
יוסף שפירא.
ממצאי הביקורת מגלים, כי עד מועד סיום הביקורת, אוקטובר 2014, שש שנים וחצי מאז נחקק חוק אוויר נקי ושלוש שנים וחצי מאז נכנס החוק לתוקף, לא קבעו השרים
גלעד ארדן ו
עמיר פרץ הוראות חדשות למניעה ולצמצום של זיהום האוויר ממקורות פליטה נייחים כנדרש על-פי סעיף 13 לחוק.
באוקטובר 2014, כארבע שנים מאז זוהה הצורך לסווג מחדש את המפעלים בהתאם לפוטנציאל הנזק שלהם לסביבה, טרם הסתיים ההליך. אגף תעשיות ורישוי עסקים שבמשרד להגנת הסביבה עוסק עדיין בנושא, ובמחוזות המשרד שוררת אי-בהירות בקשר לסיווג החדש של המפעלים.
אגף איכות אוויר במשרד לא עדכן במשך כשבע שנים הנחיה שהעביר למחוזות המשרד ב-2007, ולפיה בקבוצת מפעלים שפוטנציאל זיהום האוויר שלהם רב יש לבצע דיגומי פתע אחת לשנתיים, ולא העביר למחוזות רשימה מעודכנת ומחייבת של מפעלים שפוטנציאל זיהום האוויר שלהם רב. מחוז דרום של המשרד כלל לא היה מודע להנחיה, וממילא לא פעל לפיה, וביצע את הדיגומים על-פי שיקול דעתו בלבד.
ליקויים בשימוש במערכות המידע: אחת ממערכות המידע שבהן משתמש המשרד כדי לפקח על מאות המפעלים המזהמים ולאפשר מעקב אחריהם, היא מערכת "פליטות מתעשיה". למערכת אינם מוזנים נתונים על כל המפעלים והעסקים הרשומים בה, וקיימים מפעלים ועסקים רבים נוספים שבהם הפליטות לא מוקדיות, אך הם כלל לא רשומים במערכת זו אלא במערכת אחרת. המידע שמתבסס על מערכת "פליטות מתעשיה" המוצג באתר האינטרנט של המשרד אינו מעודכן, שכן מסוף 2013 ועד אוקטובר 2014 לא הוזנו לאתר נתונים חדשים.
ליקויים בפעולות האכיפה: קיימים הבדלים ניכרים בדרכי הטיפול של המחוזות השונים של המשרד בבעלי מקורות פליטה נייחים המפרים את החוק. אין למשרד הנחיות ברורות המחייבות את כל המחוזות בתחום מקורות הפליטה הנייחים, וכי כל מחוז פועל לפי שיקוליו. בשנים 2014-2012 חרגו כל יחידות המשרד העוסקות בטיפול במפגעים, בידיעת אשכול אכיפה שבמשרד, מלוחות הזמנים שנקבעו בנוהל האכיפה, כולל חריגות ניכרות מאוד. בשנים אלה שום יחידה לא דיווחה על מפגעים חמורים בתחומים השונים, שלטיפול בהם נקבעו בנוהל אכיפת מפגעים חמורים פרקי זמן קצרים מאוד לביצוע, ולכן לא נעשה בנוהל זה שום שימוש.
נדרשת אכיפה, תקינה וייעול שפירא קובע, כי על המשרד לבחון ללא דיחוי את הצורך לעדכן את התקנות למניעה ולצמצום של זיהום אוויר ממקורות פליטה נייחים, וכן את הצורך לקבוע הוראות נוספות, כדי שהשר יוכל להביאן כנדרש לאישור ועדת הפנים. על המשרד לזרז את טיפולו בסיווג המחודש של העסקים. עליו להקפיד על תיאום מלא בין אגפי המשרד ולהבהיר למחוזות השונים, ליחידות הסביבתיות ברשויות המקומיות ולאיגודי הערים מהו הסיווג החדש ומה נדרש מהם לעשות בעקבות זאת.
על המשרד להגנת הסביבה לבחון אם בשנים האחרונות היו מפגעים חמורים, ובכלל זה מפגעים בתחום זיהום האוויר, ואם כן -לבחון לעומק את הסיבות להימנעותם של המחוזות מלדווח על מפגעים אלה כמפגעים חמורים ולנקוט צעדים למניעת הישנותו של ליקוי זה בעתיד. עליו לבחון גם את הסיבות לחריגות הניכרות הרבות מלוחות הזמנים לטיפול במפגעים שקבע ולנקוט צעדים למניעתן.