המועצה הלאומית לכלכלה, הכפופה לראש הממשלה, ממלאת את תפקידה באופן חלקי בלבד. העובדה שהיא מייעצת לראש הממשלה בלבד, סותרת את עקרון האחריות המשותפת העומד בבסיס פעולת הממשלה. כך אומר (יום ג', 5.5.15)
מבקר המדינה,
יוסף שפירא.
עקרון האחריות המשותפת, סבור שפירא, מחזק את הצורך שחוות הדעת של המועצה יובאו לפני חברי הממשלה כולה ובכך היא תשמש גוף מטה משמעותי. בפועל הממשלה, אחד משריה או נציגי משרדיה יזמו את מרבית עבודתה של המועצה כשותפה לוועדות; מתכונת זו של עבודתה אינה מתיישבת עם התפיסה לפיה היא מייעצת לראש הממשלה בלבד.
עובדי המועצה שייכים לסגל הקבוע של שירות המדינה. התפיסה לפיה ייעודה של המועצה הוא לייעץ לראש הממשלה בלבד, מעוררת קושי ועלולה לפגוע בעיקרון של אי-תלות מקצועית של הדרג המקצועי, שנדרש למלא את תפקידיו במישור המקצועי והבלתי-תלוי בדרג הפוליטי. תפיסת ייעודה של המועצה טעונה בחינה גם מההיבט של הקצאת משאבי כוח האדם, שכן נוצר מצב שבו מספר הכלכלנים בסגל העובדים שפועל בתחום הייעוץ הכלכלי עבור ראש הממשלה בלבד (סגל עובדי המועצה), גדול ממספר הכלכלנים במטה הכלכלי-חברתי כולו, שהוא הגוף המקצועי במשרד רה"מ האמון על התחום הכלכלי.
המועצה אמורה להכין חוות דעת מקצועיות על הצעות החלטה בנושאי כלכלה העומדות על סדר היום של הממשלה ושל ועדותיה. בפועל, המועצה ממעטת להגיש חוות דעת כאלו בכתב ובפירוט, וראש המועצה נוהג להציג את עמדתה בעל-פה בלבד. כך נעשה אפילו לגבי תקציב המדינה, למרות שעל המועצה הוטל במפורש להגיש חוות דעת בנושא זה.
"המילוי החלקי של התפקיד פוגע ביכולת המועצה להשיג באופן מיטבי תכלית מרכזית שעמדה ביסוד הקמתה, על-רקע התבססותו של משרד האוצר כגוף הדומיננטי בקביעת המדיניות הכלכלית בישראל: יצירת מערכת של איזונים ובלמים בתחום הכלכלי והבעת דעות בלתי תלויות בנוגע לתקציב המדינה, שיש לו תפקיד מרכזי בכלכלה ובחברה", קובע שפירא.
אין תוכניות עבודה במשרד רה"מ
ליקויים נמצאו גם ברמת-העל של משרד רה"מ, אשר לא תוכניות עבודה משרדיות אך לא לשנת 2013 שבמהלכה נערכו הבחירות לכנסת ה-19. המשרד לא גיבש תוכניות עבודה משרדיות מפורטות לשנים 2012 ו-2014 בהתאם למתווה המפורט במדריך התכנון הממשלתי: התוכניות שנכללו בספר תוכניות העבודה הממשלתי לא פירטו את שלבי ההתארגנות לביצוע המשימות ולעיתים לא פירטו את הגורמים השותפים לביצוען. למשל, בתוכנית העבודה המשרדית לשנת 2014 נכללו 72 משימות; לגבי 66 (92%) מהן לא צוין מי אחראי לביצוען. בתוכנית לשנת 2014 לא פורטו חלק מהמשימות השוטפות.
שלושת האגפים שבמטה הכלכלי-חברתי במשרד רה"מ - אגף ממשל וחברה, שהוא בעל תפקיד מרכזי בהטמעת תפיסת התכנון הממשלתית ובריכוז תוכניות העבודה של הממשלה, אגף כלכלה ותשתיות ואגף פנים, תכנון ופיתוח - לא הכינו תוכניות עבודה יחידתיות לשנים 2014-2012.