הקפאת התקציבים למערכת ההשכלה הגבוהה בשנים 2010-2000 והורדת שכר הלימוד לסטודנטים יצרו מצוקה תקציבית, שהביאה לצמצום היקף הסגל האקדמי הבכיר הקבוע. אולם חברי הסגל הבכיר לא מילאו אחר חובת שעות ההוראה שלהם, והמוסדות להשכלה הגבוהה לא מיצו את המשאבים העומדים לרשותם. כך קובע (יום ג', 5.5.15)
מבקר המדינה,
יוסף שפירא.
משרד המבקר מצא חריגות ניכרות בהיקף שעות ההעסקה של חברי הסגל הבכיר, ומתברר שרבים מהם אינם ממלאים אותן כנדרש. בשנת הלימודים תשע"ג מספרן הכולל של שעות ההוראה החסרות היה 3,281. הדבר דורש השלמה של שעות הוראה חסרות הנעשית באמצעות העסקת אנשי סגל נוספים, לא פעם כמורים מן החוץ, ותקציב נוסף. מצב דברים זה גורם לחוסר יעילות ולבזבוז כספי ציבור.
ות"ת (הוועדה לתכנון ולתקצוב) ידעה על כך, אך לא נקטה צעדים למניעת הדברים. משרד המבקר קובע, כי על ות"ת להקפיד לדרוש מהמוסדות לתקן את החריגות שהתגלו אצלם, ולשקול להפעיל אמצעי אכיפה, לרבות עיצומים כלכליים כלפי המוסדות שמתעלמים מהנחיותיה.
התגלו גם ליקויים רבים בהתנהלות המכללות בתהליך מינוי חברי הסגל הבכיר, אשר נעשה ללא הליך מוסדר הכולל אמות מידה של איכות ומצוינות ואינו מבטא שקיפות, הוגנות ושוויון הזדמנויות בבחירה. על כן, קובע המבקר, מוטלות על המל"ג (המועצה להשכלה גבוהה) ועל ות"ת החובה והאחריות לטפל ביעילות, בהוגנות ובשוויוניות בסגל האקדמי, במיוחד בקשר למינויו של דור צעיר וסגל עתידי מוכשר במוסדות להשכלה גבוהה.
הנתונים מצביעים על היקף העסקה ניכר של מורים מן החוץ במכללות, אשר בשנת 2012 היוו יותר מ-40% מכלל משרות ההוראה במכללות המתוקצבות. הדוח מצביע על ליקויים רבים בתקופת העסקתם במעמד זה ובדרכי מינוים. ות"ת לא מילאה כראוי את תפקידה כגוף המפקח והמבקר על מערכת ההשכלה הגבוהה, על-מנת להבטיח מינהל תקין ולמנוע את החריגות.
בשנת 2010 נוסף לתקציב מערכת ההשכלה הגבוהה סכום של 7.5 מיליארד שקל, בפריסה על פני שש שנים. תוספת תקציב זו אפשרה למל"ג לעצב תוכנית רב-שנתית, שתתמקד בין השאר בקידום המצוינות במחקר ובהוראה ובשדרוג התשתיות בתחומים אלה. אולם על-אף הצורך בקביעת מדיניות כוללת ומערכתית ארוכת טווח למערכת ההשכלה הגבוהה, לא קבעה המל"ג מדיניות כזו. היא לא בחנה את המצב הקיים ואת התחזיות לטווח ארוך בדבר גודל מערכת ההשכלה הגבוהה, היקפה והרכבה הרצוי מבחינה לאומית ל-20 השנים הבאות.
כמו-כן, לא שיתפה המל"ג גורמים במשק ובמשרדי הממשלה שיכלו לתרום להבנת הצרכים העתידיים של החברה והכלכלה בעיצוב המדיניות ובגיבוש התוכנית הרב-שנתית. המל"ג קיימה דיונים עם גורמים אלו באיחור, רק בשנים 2012-2011, לאחר שכבר נקבעה התוכנית הרב-שנתית.
המבקר קובע, כי על המל"ג להתייחס בראייה מערכתית להשפעות שיש למוסדות שאינם מתוקצבים על מערכת ההשכלה הגבוהה כולה - מאחר ששיעורם של מוסדות אלו מכלל המוסדות להשכלה גבוהה הוא 20%, ולשקול להחיל עליהם, בשינויים המתחייבים, את החלטותיה הנוגעות ליישום התוכנית הרב-שנתית.