דוח הביקורת של
מבקר המדינה בנושא מניעת זיהום אוויר מצא ששיעור הדגימות שבוצעו היה פחות מחצי מתוכניות העבודה של המשרד. כך סיפר יצחק שובל, נציג מבקר המדינה.
עוד אמר שובל כי לעיתים הגיע השיעור רק ל-15% ובמחוז חיפה, בו מרוכזים מפעלים מזהמים רבים, לא נעשו כלל דגימות אוויר לגילוי זיהום. הוא האשים כי מערכות המידע של המשרד בעניין אינן יעילות, אינן ברורות, אינן אמינות ואינן מעודכנות, וכן כי כמעט ולא הוטלו עונשים כספיים על מזהמים.
הוועדה לביקורת המדינה דנה (יום ג', 23.6.15) במסגרת יום הסביבה בכנסת, במניעת זיהום אוויר ויו"ר הוועדה, ח"כ
קארין אלהרר (יש עתיד) האשימה כי "המשרד להגנת הסביבה כשל במניעת זיהום האוויר, וההתרשלות בטיפול במקורות הזיהום היא נסיגה של המדינה ממחויבות לאזרחיה". אלהרר הוסיפה כי הטענה על תקצוב חסר אינה מספקת, כיוון שכל משרדי הממשלה מתלוננים על היעדר תקציב מספיק, אך על המשרד היה להעדיף את דגימות הפתע, כדי לחשוף את היקף הזיהום מהתעשיה.
אלהרר בירכה את המשרד על ההחלטה שלא לאשר מפעלים נוספים שיזהמו, אך ציינה כי קביעת התקנות וההיתרים נקודתיים הוא הכרחי, וקראה לשיתוף פעולה בין ארגוני הסביבה ובין המשרד לעניין שקיפות המידע. "חייבים להתייחס ברצינות לדגימות-הפתע, ואני דורשת נהלים סדורים בין האזורים השונים במשרד בעניין. האכיפה חייבת להיות משמעותית יותר וחריפה יותר".
מנכ"ל המשרד דוד לפלר השיב כי "הירידה החדה בתקציב גרמה לירידה בדגימות הפתע, שהיינו אמורים לבצע. הגשנו תוכנית לאומית מקיפה לצמצום הזיהום, בהיקף של 690 מיליון שקל - אך קיבלנו 190 מיליון שקל בלבד. דגימות נעשות גם על-ידי המפעל עצמו באמצעות מעבדות מורשות ומוסמכות. בעניין המפעלים במפרץ חיפה ערכנו שימוע ציבורי, והפנמנו את הערות הציבור בעיקר בעניין שקיפות המידע". לדבריו, אזור חיפה איננו המקום המזוהם ביותר בישראל, והזיהום שם הוא לא החמור ביותר.