בשורה של בתי כלא קיימים "אגפים שמורים" שהם למעשה "אגפי הפרדה" לכל דבר ועניין, אך בשל תרגיל לשוני זה של השב"ס - נמנעת מהכלואים בהם הביקורת השיפוטית המופעלת על-פי החוק על ההחזקה בהפרדה. כך מגלה (יום א', 3.8.15) הסנגוריה הציבורית, לצד שורה של ממצאים על תנאים קשים ביותר באגפי ההפרדה.
בכלא איילון קיים "אגף שמור", בו החום והמחנק קשים מנשוא. הסנגוריה הציבורית טוענת, שמדובר למעשה בעקיפה של החוק הנוגע להחזקת אסירים בהפרדה, ובראשו הביקורת השיפוטית על הפרדה זו, ובכך נפגעות הזכויות החוקתיות של האסירים. הסנגוריה מזכירה, כי עוד בשנת 2012 ביקשה מהיועץ המשפטי לממשלה,
יהודה וינשטיין, להורות לשב"ס להכין נוהל ברור לאגפים השמורים - אך זה לא נכתב עד עצם היום הזה.
מצב דומה קיים בבית המעצר הדרים, בו קיים "אגף השגחה וענישה" שבעבר נקרא "אגף ההפרדה". הסנגוריה קובעת: "מדובר באגף הפרדה לכל דבר ועניין, אך החזקת הכלואים בו נעשית ללא קיום התנאים ומנגנוני הבקרה שקבע המחוקק כתנאי להחזקת כלואים בתנאי הפרדה". בין היתר מוחזקים בו חולי נפש, למרות שידוע שהחזקתם בהפרדה עלולה להחמיר את מצבם. התאים צפופים מאוד, אינם ממוזגים ושורר בהם מחנק; לא חודר אור שמש ואין חלונות במסדרון או בתאים, עד כי כמה כלואים התלוננו, כי אינם יודעים אם יום או לילה. הסנגוריה דורשת לסגור מיד אגף זה.
בכלא השרון ביצע השב"ס את אותו תרגיל: הוא שינה את שמו של אגף ההפרדה ל"אגף שמור", אך התנאים לא השתפרו. להפך: נשללה מהאסירים ההגנה השיפוטית וביקורי המשפחות מתקיימים אחת לשבועיים במקום אחת לשבוע. השב"ס טען שהוא פועל בהתאם לפקודת האגף השמור, אך כאשר ביקשה הסנגוריה לראות פקודה זו - נענתה שהיא טרם אושרה.
מזרון דק ללא סדינים בכלא הנשים נווה תרצה שוררים תנאים קשים במיוחד באגף ההפרדה: בחלק מהתאים יש מקקים, האריחים שבורים והקירות מתקלפים. אחד התאים היה קטן וצפוף, וכלל מיטת ברזל ועליה מזרון דק ללא סדינים. בתא המקלחת לא היה ראש מקלחת, והמים זרמו דרך חור בקיר. הרצפה והקירות היו מלוכלכים מאוד, ואשפה הייתה מפוזרת בכל מקום. הקירות באזור המקלחת היו מכוסים בחלודה והרצפה מלאת עובש. מיקומו של החלון הקטן הבודד שנמצא מעל המקלחת כמעט ואינו מאפשר כניסת אור יום לתא, באופן שמעצים את תחושת המחנק. בתא זה הוחזקה אסירה הזקוקה לטיפול רפואי.
לכלואות באגף ההפרדה לא ניתן טיפול סוציאלי מספק וראוי ושיחותיהן עם העובדת הסוציאלית נערכות דרך אשנב הדלת. לדעת הסניגוריה, זהו נוהג פסול, הפוגע בזכותן של הכלואות לפרטיות ומנוגד לכללי האתיקה ולהנחיות שירות בתי הסוהר. הסנגוריה דורשת לסגור לאלתר אגף זה, שלדבריה אינו מאפשר מחיה בכבוד, ואשר חלק מהאסירות מוחזקות בו רק בשל מצבן הנפשי - במקום לקבל טיפול רפואי הולם.
קטינים המוחזקים בהפרדה בכלא אופק במשך חודשים ארוכים התלוננו על שעמום שמביא אותם לסף אובדן השפיות. נער אחד הוחזק בהפרדה במשך חודש משום שלא נמצא מענה הולם לצרכיו הנפשיים, וזאת - אומרת הסנגוריה - בניגוד לפקודות השב"ס. קטין אחד שעל סף הפיגור הוחזק גם הוא בהפרדה, תוך התעלמות מהתרעותיה של העובדת הסוציאלית. החזקת הנערים בתנאים כאלו, טוענת הסנגוריה, עומדת בניגוד לחוק ולאמנה הבינלאומית לזכויות הילד.
חלק מהאסירים בכלא אופק מוחזקים בתא המאסר במשך 23 שעות ביממה, ללא אפשרות לפעילות גופנית ממשית כלשהי, וללא אינטראקציה חברתית, מלבד עם חבריהם לתא, ואינם מפתחים את כישוריהם הלימודיים או החברתיים. הם ישנים, אוכלים ורואים טלוויזיה. למעשה, תנאי מאסרם דומים לאלו של אסירי ההפרדה - בניגוד לחוק ולאמנה הבינלאומית לזכויות הילד.
עובדים סוציאליים ללא הכשרה במאי 2012 קבעה הכנסת בחקיקה ראשית, שיש להעניק לאסירים פעילויות שיקום, חינוך ופנאי. שלוש שנים מאוחר יותר, הוראות אלו אינן מיושמות. ב-12 בתי כלא שמעו נציגי הסניגריה תלונות בנוגע לאיכות הטיפול הסוציאלי ולמחסור בכוח אדם ובמסגרות טיפול ושיקום לכלואים; בשישה עלו תלונות על מדיניות של אי-מתן שירותי שיקום, חינוך ואף לא טיפול סוציאלי לכלואים ביטחוניים; בחמישה עלו תלונות על העדר תוכניות חינוך, טיפול ושיקום לדוברי שפות זרות; ובתריסר התגלו ליקויים הנוגעים למסגרות החינוך, התעסוקה והפנאי.
בכלא חרמון, המוגדר כבית סוהר שיקומי, מאוישות המחלקות הטיפוליות בעיקר על-ידי עובדים סוציאליים שרובם חסרי הכשרה, מומחיות או ניסיון בתחום הטיפולי בו הם עוסקים, למעט הכשרה בסיסית שקיבלו מהשב"ס בתחום הרלוונטי. בבית המעצר אבו כביר נעשה האבחון הנפשי הראשוני בסופי שבוע בידי חובש, וזאת למרות שעצורים זקוקים יותר מאסירים לאבחון וטיפול נפשי מיידיים.
הסנגוריה הציבורית גם מותחת ביקורת על המדיניות שלא להעניק תמיכה סוציאלית ושיקום לאסירים ביטחוניים המעוניינים בכך, ולטענתה מדובר בהפרה של החוק. עוד נמצא, כי אין תוכניות חינוך, טיפול ושיקום לכלואים שאינם דוברי עברית (למשל: דוברי ערבית, רוסית ואמהרית), וזאת למרות שבתי המשפט כבר פסקו שאין להשלים עם מחסום של שפה בדרך לשילוב אסיר בקבוצה טיפולית.
