בית המשפט העליון קובע (יום ב', 31.8.15), כי החסינות המהותית של חברי הכנסת לא תגן עליהם מפני מעשים פליליים מובהקים שהם עושים במסגרת תפקידם. הדברים כלולים בהחלטה לדחות את ערעורו של הח"כ לשעבר
סעיד נפאע על הרשעתו ביציאה בלתי חוקית לסוריה ובמפגשים שם עם בכירי טרור בשנת 2007.
נפאע טען, כי המעשים חוסים תחת החסינות המהותית, אך המשנה לנשיאה
אליקים רובינשטיין - בהסכמת השופטים
ניל הנדל ו
צבי זילברטל - דחה טענה זו, לאחר דיון ממצה בסוגיית החסינות. לגבי זו נקבע בחוק, כי "חבר הכנסת לא ישא באחריות פלילית או אזרחית ויהיה חסין בפני כל פעילות משפטית, בשל הצבעה או בשל הבעת דעה בעל-פה או בכתב או בשל מעשה שעשה בכנסת או מחוצה לה, אם היו ההצבעה, הבעת הדעה או המעשה במילוי
תפקידו או למען מילוי תפקידו כחבר כנסת", ולא ניתן להסיר אותה.
בשנת 1995 נחלקו שופטי בית המשפט העליון בשאלה כיצד יש להגדיר את החסינות המהותית.
אהרן ברק סבר, כי יש להחיל את "מבחן הסיכון הטבעי": אם הפעולה הבלתי-חוקית "כה קרובה מבחינה עניינית לתפקיד של חבר-הכנסת, עד כי ניתן לומר כי היא כרוכה בה והיא מהוה חלק מהסיכון הטבעי שכל חבר כנסת נתון לו". בפסיקה מאוחרת יותר של בית המשפט העליון נקבע, כי זהו המבחן המכריע.
מאיר שמגר הציע בשעתו את "מבחן הזיקה המהותית": "חייבת
להיות זיקה הגיונית בין התפקיד ומילויו לבין המעשה אשר לגביו מוענקת לו החסינות". ואילו
אליעזר גולדברג תמך ב"מבחן הרלוונטיות", אשר מתקיים "אך כשהפעולה (הבעת דעה או מעשה אחר) משרתת את התהליך הדמוקרטי שלשמו קיימת הכנסת ושלשמו נבחרו חברי הכנסת".
רובינשטיין מסביר כיצד יש ליישם את מבחן הסיכון הטבעי: "מבחן זה נגזר כאמור מתכלית החסינות העניינית; לאפשר לחברי הכנסת למלא את תפקידם הפרלמנטרי - המורכב
מטבעו אך ממעשים חוקיים - וזאת מבלי לחשוש שבמקרה בו מעשים אלה יחצו את גבול המותר, הם יסתכנו בתביעה אזרחית או בכתב אישום פלילי.
"מכאן ניתן ללמוד, כי על הטוען לתחולת חסינות עניינית על מעשים לא חוקיים שעשה, להראות, כי המעשים הללו נגזרו ממעשים אחרים, חוקיים ולגיטימיים, אשר היוו חלק ממילוי תפקידו הפרלמנטרי. בהעדרו של בסיס לגיטימי מעין זה, לא תוכר הפעילות הלא חוקית ככזו החוסה תחת החסינות העניינית. החסינות לא נועדה לאפשר לחברי הכנסת לבצע עבירות - אף לא ממניעים פוליטיים, חברתיים או ערכיים - אלא לאפשר להם לבצע את תפקידם".
רובינשטיין מוסיף וקובע, כי לחבר כנסת אסור לבצע עבירות כדי לקדם את השקפת עולמו שבשמה נבחר לכנסת: "האמצעים העומדים לרשות חבר הכנסת למילוי תפקידו הם רבים: קידום הצעות חוק, העלאת הצעות לסדר היום, השתתפות בעבודת ועדות הכנסת, הצבעה במליאה, והשתתפות בפורומים שונים מתוך כוונה להשפיע על דעת הקהל. בשום פנים אין התפקיד הפרלמנטרי נועד להכשיר את אי-כיבוד החוק ואת הפרתו בשם המצע הפוליטי, ולכן אין בעצם העובדה שהמניע שמאחורי המעשים הפליליים הוא זה העומד בבסיס פעילותו הפרלמנטרית של חבר הכנסת, כדי להעלות או להוריד לעניין זה".