סופת השלגים הקשה בדצמבר 2013 חשפה ליקויים קשים בהיערכות הרשויות ו
משרד התחבורה בפרט להזרמת התנועה ולפעילות התחבורה הציבורית. התברר שלא נקבע בחקיקה ובפועל לא היה בסופה גורם מתכלל אשר לו הסמכות לנהל את הסיוע האזרחי במצב חרום שאינו מלחמה - לרבות אספקת מזון ותרופות - ובזמן רגיעה יהיו לו הסמכויות להגביר את רמת המוכנות של כלל גופי המשק ולשפר אותה.
מן הביקורת של המבקר עלה כי אין נהלים המסדירים את אופן הפעילות של מפעילי התחבורה הציבורית ואת רמת השירות הנדרשת מהם במצבי חרום שאינם מלחמה הנובעים מפגעי טבע.
רכבת ישראל הפעילה אומנם רכבות מתחנת מלחה לגוש-דן, אך הן לא היו בתפוסה מלאה משום שחלק מהנוסעים שהגיעו לירושלים ברכבת לא יכלו להמשיך ליעדם בעיר בשל צירי התנועה החסומים, ונאלצו לשהות בתחנה שעות רבות. מאותה הסיבה אזרחים ששהו בירושלים לא הצליחו להגיע לתחנת הרכבת. המבקר קובע כי על משרד התחבורה ועל הרשות המקומית לתת עדיפות לפינוי הצירים אל תחנות הרכבת ומהן.
במצבי חרום אזרחיים אין נהלים המסדירים את פעילותם של מפעילי התחבורה הציבורית ואת רמת השירות הנדרשת. משרד
מבקר המדינה מעיר כי על משרד התחבורה לדאוג שבמסגרת ההסכם עם מפעילי התחבורה הציבורית הם יאמצו נוהל מתאים למצבי חרום אלה. משרד התחבורה הודיע כי עד הרבעון השלישי של 2015 תושלם הכנת נוהל לשעת חרום.
הנחיות סותרות המידע על מצב הכבישים לא הגיע באופן מסודר אלא ממנהלי התנועה של אגד בשטח, ועל פיו הועברו הנחיות למנהלי התנועה המחוזיים ולסניפים באופן מאולתר באמצעות ווטסאפ. לא היו תיאומים לגבי הפעלת התחבורה הציבורית בזמן הסופה בין אגד ויתר מפעילי התחבורה ובין משרד התחבורה, המשטרה ועיריית ירושלים. המשטרה ומשרד התחבורה מסרו לאגד וליתר מפעילי התחבורה הציבורית הנחיות סותרות, וגם בהנחיות שנתנה משטרת ירושלים למשטרת התנועה הארצית היו סתירות.
בהיעדר היערכות מוקדמת לא היה אפשר להפעיל את התחבורה הציבורית בעת הסופה ואחריה. בנוסף, לא היה מטה הסברה או גוף אחד שירכז את המידע וימסור אותו לציבור הנבוך.
בתשובת משרד התחבורה צוין כי הופקו לקחים ונרכשו שרשראות נסיעה בשלג ל-100 אוטובוסים וכן לרכבי גרר. המשטרה הוסיפה כי הפיקה לקחים ויצרה ממשק עבודה בין אגף התנועה ומשרד התחבורה, וציינה שבסוף של 2014 תכלל מטה ההסברה של משרד ראש הממשלה את פעילות כלל גופי הדוברות הרשמיים.
