ההפרדה בין מקורות לבין חברת-הבת מקורות ייזום אינה נשמרת בהתאם להחלטת הממשלה בנושא, ובפועל חברת-הבת נשענת בנושאים מרכזיים על חברת-האם. כך אומר (יום ד', 28.10.15)
מבקר המדינה,
יוסף שפירא.
מקורות פיתוח וייזום הוקמה בשנת 2003 כחברת-אחות למקורות, בשנת 2008 היא הפכה לחברת-בת שלה ונקבעו כללים להפרדת פעילויותיהן. מקורות ייזום פועלת בעצמה ובאמצעות שותפויות וחברות בנות בתחום המים והשפכים בישראל ובשווקים הבינלאומיים, לרבות להקמה ושדרוג של מתקנים בתחומי טיהור השפכים והתפלת מי ים. החברה מתפעלת מכוני טיהור שפכים ומתקני התפלה, וכן מוציאה אל הפועל מיזמי ייעוץ בתחום המים, כל זאת על בסיס הידע שנצבר במקורות.
מקורות ייזום שאלה ממקורות את עמירם אוחיון לתפקיד סמנכ"ל הכספים החל ביוני 2008, ושאילתו נמשכה עד למועד סיום הביקורת, בניגוד להחלטת הממשלה ולקביעת רשות החברות. אוחיון אף התמנה בינואר 2013 לממלא-מקום מנכ"ל החברה בניגוד להנחיות רשות החברות, וכך נוצר מצב בו הוא מפקח על עצמו. הנהלת מקורות ייזום לא ביצעה את החלטות דירקטוריון החברה בדבר הסדרת מעברו של אוחיון ממקורות למקורות ייזום, ולחלופין סיום שאילתו.
מתחילת 2012 גדלו היקפי שירותי הפיתוח העסקי שקיבלה מקורות ייזום ממקורות, אך מתן שירותים אלה לא עוגן בהסכם ההפרדה בין החברות - ומשום כך גם לא נקבעו תחומי השירותים המתקבלים, היקפם ותנאי התשלום בגינם. פעילות הפיתוח העסקי והמישק עם מקורות חורגים הן מנוהל הפיתוח העסקי של החברה והן מהאמור בהחלטת הממשלה.
דירקטוריון מקורות ייזום לא קבע את אופן הבקרה על התקשרויות עם סוכנים (משווקים ומפתחים עסקיים) ואת הפירוט הנדרש בדיווחי הנהלת החברה בנושא זה. הנהלת מקורות ייזום אישרה הסכמים עם סוכנים, לעתים בדיעבד, אף על-פי שהם חרגו ממדיניות החברה בנוגע לעמלות שיקבלו הסוכנים.
בשנים 2014-2012 כמעט לא יזמה מקורות ייזום פעילות עסקית חדשה עבורה, בניגוד לייעודה ולתפקידיה העיקריים, ורוב הייזום נעשה על-ידי מקורות. דירקטוריון מקורות ייזום לא הקפיד לכנס בשנים 2012-2008 דיונים על מימוש יעדי מדיניותו, כפי שבאו לביטוי בתוכנית האסטרטגית שאישר. הדירקטוריון גם לא דרש שהנהלת החברה תבחן את התוכנית האסטרטגית, ובמידת הצורך תעדכן אותה, חרף שינוי סביבת הפעילות של החברה.
שפירא מסכם: "מקורות ומקורות ייזום לא הקפידו על יישום עקרון הפרדת הפעילות בניהן, כפי שהחליטה הממשלה; הייזום העסקי של החברה מועט ונשען ברובו על יוזמוֹת של חברת-האם. על מקורות ועל מקורות ייזום להפריד את פעילותן באופן מלא, כפי שנקבע בהחלטת הממשלה, זאת בין היתר באמצעות הקפדה על תיחום פעילויות הפיתוח העסקי ואיוש קבוע של משרת המנכ"ל.
"הממצאים מלמדים, כי משנת 2012 רוב פעילות הייזום נעשית בחברת מקורות. לדעת משרד מבקר המדינה, מקורות ייזום צריכה לבצע בחינה והערכה של פעילות הפיתוח העסקי בחברה ולקבוע אבני דרך בנות בקרה, שיאפשרו להעריך את ביצועיה, לאתר את נקודות החולשה ולפעול לחיזוק של יכולותיה בתחום הייזום של פעילות חדשה. כמו-כן, מן הראוי שמשרד האוצר, משרד התשתיות ומקורות יבחנו את הסיבות להיקפים הנמוכים של פרויקטים חדשים שיוזמת מקורות ייזום ואת יכולתה ליזום פרויקטים בעצמה, נוכח מגבלות האסדרה (רגולציה) החלות עליה".
