מיליארדי שקלים זורמים תחת ידו של משרד התחבורה. לצורך ביצוע מיזמים הוא מתקשר עם יועצים, בעלי מקצוע ונותני שירותים מומחים. אולם ועדות המכרזים לבחירה בהם אינן פועלות כנדרש. כך קובע (יום ד', 28.10.15) מבקר המדינה, יוסף שפירא. המבקר מצא שורה ארוכה מאוד של ליקויים המצביעים על גישה ניהולית בעייתית של הנהלת המשרד בראשותו של המנכ"ל עוזי יצחקי. נעשה שימוש יתר ובלתי מוצדק בסעיפי הפטור ממכרז (89% ממכרזי ההתקשרויות!), ובכלל זה בתקנות הפטור ממכרז בנימוק של ספק יחיד. משך הארכות התקשרות בפטור ממכרז, בשל העדר היערכות בעוד מועד למכרז חדש, נע בין חודשיים לשנתיים, וב-12 מהם הוגדלו סכומי ההתקשרות בסכומים שהגיעו לכדי 38 מיליון שקל. יצחקי נדרש בין היתר לוודא פרסום מכרזים בזמן ולבצע בדיקה מעמיקה לגבי הליכי ההתקשרות ותפקוד ועדות המכרזים. כך למשל הוארכה כמה פעמים ההתקשרות להפעלת מוקד המידע האחוד לתחבורה ציבורית שניתנה לאגד ללא מכרז. דוגמה נוספת היא הקמת מרכז שירותי סליקה ומתן שירות למחזיקי כרטיס הרב-קו בידי בנק הדואר תוך פטור הוגשה בלי שנעשו בדיקה מעמיקה ואומדן עלויות. משרד מבקר המדינה רואה בחומרה את דרך פעולתו הלא-מקצועית והרשלנית של משרד התחבורה בכל הנוגע לתהליך ההתקשרות. המשרד מעביר במיקור-חוץ סמכויות לביצוע תפקידי ליבה ליועצים פרטיים, בניגוד לכללי התקשי"ר, בתהליכי התקשרות בלתי תקינים וללא שליטה ובקרה מספיקים עליהם. פעולות אלה גרמו לאובדן ידע, למחסור בכוח אדם מקצועי ואיכותי במשרד, ולאובדן הפיקוח והשליטה על ניהול תקציבי הייעוץ ותקציבי הפיתוח, קובע שפירא. כך למשל, הועבר לחברה חיצונית הטיפול בתלונות הציבור נגד תחבורה ציבורית, אחד מתפקידי הליבה של משרד התחבורה, בניגוד להוראות התקשי"ר ולנוהל המשרד. גם פעילות מינהלת התחבורה הציבורית, האמורה להיעשות בידי הרשות הארצית לתחבורה ציבורית, מתנהלת בידי שתי חברות חיצוניות - עדליא (ADALYA) ו-AMCG. ממשרד התחבורה נמסר כי "המשרד מחויב לשינוי מבנה ארגוני, שייצא לפועל עם השלמת יישום תוכנית פרישה מוקדמת לגמלאות וביטול כ-200 משרות, במסגרתו יוקם אגף מכרזים והתקשרויות".