פרשת ילדי תימן, שהתרחשה בשנים 1954-1948, המתארת סיטואציה שבה נלקחו לכאורה ילדים ממוצא תימני מהוריהם אל משפחות בישראל, היא נושא שנוי במחלוקת. עדויות רבות של הורים מקהילת יהודי תימן בישראל ומגורמים נוספים תיארו מבצע מאורגן של חטיפות ילדים בקנה מידה גדול. לעומתם, אישים מהממסד הישראלי טענו, וטוענים עד היום, כי לא היה ולא נברא שום מבצע חטיפה וכי לא נמצא ביסוס עובדתי לחטיפה שיטתית ומאורגנת בחסות הממסד, אלא נמצאו רק מקרים בודדים שהוכח בהם כי הילדים נמסרו לאימוץ. רובם של השותפים לתהליך קליטת העולים דחו את ההאשמות. אולם ספר שיצא לאחרונה אותו כתב ד"ר משה נחום, נשיא פדרציית עולי תימן, שואף לרכז את כל העדויות בנושא ולהעלותם מחדש על סדר היום הציבורי. בספר, ששמו "תעלומת ילדי תימן", ביצע נחום מחקר בנושא חטיפת ילדי תימן מזרח ובלקן ומכירת רובם לחו"ל. בדיקתו של ד"ר נחום מורכבת מכמות גדולה של עדויות מבני הקהילה התימנית בישראל. הספר עצמו עוסק לא רק בנושא החטיפות, אלא גם בשוד הספרים והרכוש שהפקידו העולים בידי אנשי הסוכנות מתוך אמונה, שרכושם יוחזר להם. הרכוש המדובר הוא ספרי קודש, כתבי יד עתיקים, זהב, כסף, תכשיטים, ודברי רקמה. ד"ר נחום אינו פוסח בספרו על האשמה כלפי התקשורת בכותבו: "לתקשורת הישראלית היה קל לעשות מהעדה התימנית נאיבית וחסרת יכולת, ומרב יהודי תימני מלומד ונאור, מטורף חסר רגש ומצפון. זאת ממש בושה לתקשורת הישראלית", קבע. לטענתו, הוא שואף בספרו לתאר את מלחמתם של שלמה גמליאל, צילה לוין, יונה עומסי, עובדיה מליחי ז"ל, סעידה סרי, מרים סעיד, ויוסף עראסי שהטיחו דברים קשים ומילים קשות, בחברי ועדת החקירה, שהיו משופטי בית המשפט העליון. במסגרת כתיבת הספר, לפי משה נחום, נאספו עדויות רבות מבני העדה התימנית בארץ. חלק מאותן העדויות, בהן עדותו של הרב עוזי משולם המנוח, מגלות כי ילדים נעלמו מבני העדה התימנית באלפים. מספרם מוערך בכ-10,200 אלפים ילדים תימנים ו-2,800 משאר העדות. בנוסף ל-187 נשים צעירות תימניות. לפי העדויות, על חלק מהנשים התימניות ועל 12.5 אלף ילדים תימנים, ועל כ-100,000 ילדים מרוקאים ומשאר בני העדות השונות, עשו ניסוים רפואיים, בראשם על מחלת הגזזת. לדוגמה, לפי אחת העדויות נאמר: "שבת אחת החליטו גונבי הילדים לחטוף עוד ילדה והאב התנגד לחטיפת בתו בכוח. העדים מספרים כי השומר רצח אותו בשלוש יריות, באמצע המחנה בעין שמר, בשעת מנחה של שבת, לנגד עיניו של ילד בשם יוסף עראסי ששכב חולה. זה קרה בתאריך 14 בפברואר שנת 1950. שם הנרצח יעקב סאלם ג'ראפי. השומר לא הועמד לדין ולא פוטר מהעבודה. בנות הנרצח מתהלכות כואבות עד עצם היום הזה. מנהלי מחנה העולים, לקחו את העניין כדבר מובן מאליו ואשת הנרצח והבנות הועברו לאשקלון. שתיים מבנותיו שמתגוררות באשקלון, אינן מפסיקות לבכות את אביהן שנרצח מול עיניהן, וניסו לשכנע אותי בעדותם, לתבוע את מותו מהמדינה". דוגמה לעדות נוספת ניתנת מפי הזמר המפורסם ניסים גרמה. גרמה טען בעדותו: "אחותי נגנבה במקומי, כי אמי לא עזבה אותי, והחביאה אותי מתחת למיטה". עדויות אלו הינן ראיה חזקה, אך ראוי לציין כי עדיין הן אינן מספיקות כדי לקבוע באופן חד-משמעי כי הייתה חטיפה בקנה מידה גדול של ילדי תימן. אך אפשר להיות בטוחים כי נושא זה ימשיך להיות שנוי במחלוקת ומוקד לויכוחים רבים בשנים הבאות.