"ממצאי הביקורת מציגים תמונת מצב עגומה ביותר, ולפיה קצינים וחיילים מקיימים מגע ישיר עם תורמים, ומעורבים בגיוס ובקבלה של תרומות בכסף ובפריטים שונים, ובהם אף ציוד לחימה; כל זאת בניגוד לפקודות ולהוראות וללא פיקוח ובקרה של צה"ל". כך אומר (יום ב', 28.3.16)
מבקר המדינה,
יוסף שפירא, בדוח השנתי שלו על מערכת הביטחון.
ממצאי הביקורת מצביעים גם על ליקויים בעריכת התחקירים בצה"ל, ועל תופעה נרחבת וחמורה של אירועים החוזרים ונשנים בתחומי פעילות מרכזיים שנבדקו. בין היתר חושף המבקר, כי אירועי חטיפות החיילים בעשור הקודם - כולל חטיפתו של
גלעד שליט - כללו כשלים שכבר אירעו בחטיפות קודמות.
עוד נמצאו "ליקויים חמורים ומהותיים בנוגע לאיוש משרות בכירות במשרד הביטחון ולאופן הפיקוח והבקרה של נציבות שירות המדינה על תהליך האיוש". מתברר, כי המשרד מאייש משרות רבות בלא מכרז ולעיתים אף תוך הפרה של נהליו שלו. כך למשל אוישה בצורה כזו משרת מנהל האגף לסיוע ביטחוני (סיב"ט), וכך מאוישות דרך קבע המשרות במשלחות המשרד בחו"ל. הימנעות ממכרזים ופגיעה בתחרותיות ובשוויוניות התגלו גם בהתקשרויותיה של חברת רפאל עם מומחים חיצוניים.
הפרק הנרחב ביותר בדוח עוסק בפיקוח על הבנייה ביהודה ושומרון, והוא מעלה שהמינהל האזרחי כמעט ואינו פועל בתחום. כך למשל, נהרסו רק רבע מהמקרים של בנייה בלתי חוקית שהתגלו בשנים 2013-1997. "הבעיות בתחום הפיקוח והאכיפה המתוארות בדוח מתמשכות. הגיעה העת לטפל בהן ביסודיות ובנחישות כדי לעקרן מן השורש ולהבטיח את שלטון החוק, שמירת הסדר הציבורי ושלום הציבור", קובע שפירא, ומטיל את האחריות לעשות זאת על ראש הממשלה,
בנימין נתניהו, ושר הביטחון, משה יעלון.
שפירא מסכם: "חובתם של ראשי מערכות הביטחון וגופיו לפעול בדרך מהירה ויעילה לתיקון הליקויים בדוח זה, ומשרד מבקר המדינה ימשיך לעקוב אחר תיקונם. יש מקום לציין לחיוב את התרשמותי, ככלל, מדרך התייחסותה של מערכת הביטחון לדוחות הביקורת ומדיווחיה על תהליכי תיקון הליקויים".
