קציר המלח יתחיל באיחור ניכר ויתפרס על פני שנים רבות יותר מהמתוכנן, בלי שניתן להצביע על מועד סיומו - וכל זאת בלא שהדבר הובא לידיעת הממשלה ולאישורה. כך קובע (יום ג', 24.5.16)
מבקר המדינה,
יוסף שפירא.
בשל הפקת האשלג בידי מפעלי ים המלח שוקע מלח בתחתית בריכת ההפקה, ועקב כך עולה מפלס המים בה ב-20 ס"מ בשנה, ועולה גם מפלס מי התהום. העלייה במפלס המים בבריכה עלולה לגרום להצפת החוף ובתי המלון המצויים בו ואף לסכן תשתיות לאומיות ואיזוריות. במשך שנים הועדף פתרון זול וזמני של הקמת סוללות, ורק בעקבות דוחות קודמים של מבקרי המדינה ועתירה לבג"ץ החלה הממשלה לחפש פתרון של ממש.
בינואר 2012 קבעה הממשלה, כי הפתרון ארוך הטווח לבעיה הוא ביצוע קציר מלח מלא בבריכה. הקציר נועד לגרד מתחתית הבריכה את השכבה העליונה של המלח שהצטבר, ובכך למנוע עלייה נוספת של המפלס. עוד קבעה הממשלה כי מפעלי ים המלח היא שתהיה אחראית לתכנון קציר המלח ולקבלת האישורים הדרושים. ביולי 2012 חתמה ממשלת ישראל על הסכם עם מפעלי ים המלח לביצוע הפרויקט, ולפיו החברה תממן 80% מעלותו. כמו-כן נקבע בהסכם שיעור התמלוגים שתשלם מינואר 2010 מפעלי ים המלח למדינה מרווחיה בגין הפקת האשלג מים המלח.
שפירא קובע, כי אמת המידה שנקבעה להשלמת הפרויקט - השגת מפלס של 15.1+ מ' בבריכה הבעייתית בינואר 2017 - אינה יכולה לשמש סימן לעמידה ביעדי הפרויקט, שכן על-פי הנתונים שהיו לפני מקבלי ההחלטות לפני קבלת החלטת הממשלה מינואר 2012 ולפני החתימה על ההסכם, יושג יעד זה גם אם לא יתבצע קציר.
בפרויקט לא נקבעו אבני דרך שלפיהן ניתן יהיה לבדוק את התקדמותו, ולא נקבע שמפעלי ים המלח תפצה את המדינה אם תתעכב או אף אם לא תבצע כלל את קציר המלח. הליכי התכנון והאישור הסתיימו רק בדצמבר שעבר, שנתיים וחצי לאחר המועד - אך הממשלה טרם נתנה תוקף לתוכנית. הליכי התכנון של תחנת השאיבה, שהיא חלק חיוני בפרויקט, לא הסתיימו אפילו במועד זה.
מוסדות התכנון אישרו שינויים מרחיקי לכת בתוכנית שאישרה הממשלה, ומשמעותם היא שהקציר יחל רק בשנת 2017; הקמת התשתיות תסתיים רק ב-2024, שמונה שנים לאחר המועד. לעיכובים אלו יש משמעות של מאות מיליוני שקלים, והם מניבים תועלת בעיקר למפעלי ים המלח.
לדעת שפירא, כל אלו מחייבים שיקול דעת מחודש של השרים הנוגעים בדבר, ולאחר מכן - דיון נוסף במליאת הממשלה, שתידרש להחליט האם האיחור מקובל עליה. זאת, לאחר שמשרדי האוצר והתיירות כשלו בפיקוחם על ביצוע הפרויקט ולא התריעו על האיחורים ועל משמעותם. "לסטייה מהחלטת הממשלה לגבי מתווה הפרויקט יש משמעויות כספיות, לרבות לגבי התמורה שיידרשו לשלם מי שיבקשו לקבל את הזיכיון הבא, לאחר פקיעת תוקפו של הזיכיון הנוכחי בשנת 2030", מזכיר שפירא.