בית החולים הדסה עודנו שרוי במשבר עמוק, הוא אינו עומד בחלק מהיעדים המרכזיים של תוכנית ההבראה, וללא הסיוע הממשלתי היה קורס. אלו מסקנותיו (יום ג', 24.5.16) של
מבקר המדינה,
יוסף שפירא. עוד הוא מצביע על כך, שמשרדי הבריאות והאוצר טרם מיסדו מנגנונים לבקרה שוטפת אחר האיזון התקציבי של בתי החולים הציבוריים, שמטרתם למנוע הישנות מקרים כמו זה של הדסה בבתי חולים ציבוריים נוספים.
מתחילת 2014 היה המרכז הרפואי הדסה בהקפאת הליכים בעקבות משבר עמוק שאליו נקלע - גירעון מצטבר של כ-1.3 מיליארד שקל. בתחילת יולי 2014 אישרה ועדת הכספים סיוע שבע-שנתי של 1.4 מיליארד שקל למרכז הרפואי (מתחילת שנת 2014 ועד סוף שנת 2020).
בשנים 2011-2001 כיהן כמנכ"ל הדסה פרופ'
שלמה מור-יוסף. מאז סוף 2011 ועד סיום הביקורת, אוקטובר 2015, במשך פחות מארבע שנים, כיהנו בהדסה חמישה מנכ"לים, שלושה מהם כממלאי-מקום: אהוד קוקיה כמנכ"ל; אסתר דומיניסיני ויובל וייס כממלאי-מקום משותפים;
אביגדור קפלן כמנכ"ל; ושנה ורבע מחתימת הסכם ההבראה (החל מיוני 2014) ממלאת-מקום מנכ"ל - פרופ' תמר פרץ-יבלונסקי. בשל מצב זה ספג בית החולים הערת עסק חי בדוחות לשנת 2014. בסוף שנת 2015 מונה מנכ"ל קבוע להדסה, פרופ'
זאב רוטשטיין, אשר החל בעבודתו בתחילת שנת 2016.
לדברי שפירא, לתחלופה כה תכופה של מנכ"לים בארגון גדול ומורכב כמו הדסה, ולעתים גם תחלופה של חלק ניכר מההנהלה, וכן להעדר מנכ"ל במינוי קבע - השפעות שליליות הפוגעות בארגון עצמו. ארעיותה של ההנהלה פוגעת ביכולתה למלא את תפקידה באופן מיטבי ומקשה עליה להוציא אל הפועל בהצלחה את הסכם ההבראה ולחלץ את הדסה ממצבה הכספי הקשה, על-ידי נקיטת פעולות הכרחיות.
פרטי על חשבון הציבורי בניגוד להסכם ההבראה ולמגבלות שהדסה קבעה, חלק מניתוחי השר"פ שבוצעו בשעות אחר-הצהריים עמדו בקריטריונים הרפואיים המאפשרים את ביצועם בשעות הבוקר. בשנת 2014 בוצעו 79% מהניתוחים במסגרת השר"פ בשעות הבוקר, וזאת על חשבון הרפואה הציבורית. במחצית הראשונה של שנת 2015 היה השיעור 73%.
בהדסה יש יותר מ-300 רופאים המורשים לבצע ניתוחים במסגרת השר"פ. במחצית הראשונה אשתקד, 28% מקרב 169 הרופאים שביצעו ניתוחי שר"פ ניתחו במסגרת השר"פ יותר מ-50% מכלל הניתוחים שהם ביצעו; יש אף רופאים ש-90% ומעלה מהניתוחים שעשו בוצעו במסגרת שר"פ, דהיינו פחות מ-10% מהניתוחים שעשו בוצעו במסגרת הציבורית. בכך מתאפשרת פעילות פרטית בהיקף ניכר בתשתיות ציבוריות, על חשבון הרפואה הציבורית. עולה חשש שמומחים בכירים עוסקים בניתוחים פשוטים יחסית.
הדסה לא עמדה ביעד הגידול השנתי בהכנסות משר"פ לשנים 2014 ו-2015 שנקבע בהסכם ההבראה ונועד לשפר את מצבה הכספי. בשנת 2014 עמדו ההכנסות על 178 מיליון שקל, ירידה של 27% לעומת השנה הקודמת, לעומת יעד של גידול ב-17 מיליון שקל. במחצית הראשונה של 2015 היו ההכנסות 93 מיליון שקל, ואם קצב זה נשמר בכל השנה - מדובר על עלייה של 17 מיליון שקל בלבד, לעומת יעד של גידול ב-25 מיליון שקל (שהיה אמור לבוא אחרי הגידול ב-2014).
ללא התמיכה של המדינה בהדסה בשנת 2014 ב-481 מיליון שקל, הייתה האגודה מסיימת את השנה בהפסד של 277 מיליון שקל, גדול מזה שרשמה בתום שנת 2013. על-פי הדוחות הכספיים הלא מבוקרים של הדסה ליוני 2015, המחצית הראשונה של שנת 2015 הסתיימה בגירעון של כ-30 מיליון שקל ללא תמיכת המדינה, ורווח של 46 מיליון שקל לאחר קבלת התמיכה. סכנה נוספת לקיומו של בית החולים היא בכך שהוא חויב בידי משרדי האוצר והבריאות להעניק הנחות בשיעור קבוע לקופות החולים בשנים 2016-2014, ובכך איבד להערכתו 150 מיליון שקל בשנה.
הטבות שכר חריגות במהלך השנים חתמו הנהלות הדסה עם העובדים על הסכמים והסדרים שיצרו עיוותים של ממש בתנאי ההעסקה ופגעו באיתנותה הכלכלית. בהסכם ההבראה אף נקבע, כי התנאים והזכויות של העובדים אשר קבועים בהסכמים הקיבוציים, ושהסכם ההבראה אינו עוסק בהם, ייוותרו בתוקפם. כך הונצחו תנאי תעסוקה חריגים בהדסה, והם ממשיכים להעמיק את הגירעון התזרימי של בית החולים.
שפירא קובע: "מצבה הכספי של הדסה מחייב את משרדי הבריאות והאוצר לעקוב אחר יישום הסכם ההבראה של הדסה ולבחון מחדש את יכולתה להגיע במועד סיום הסכם ההבראה למצב שבו היא יכולה לפעול באיזון תקציבי ללא תמיכה ממשלתית". על שני המשרדים גם ליצור כלים שיאפשרו להם לעקוב מקרוב אחר אופן ניהולם של המרכזים הרפואיים הכלליים-ציבוריים.
שפירא מוסיף: "על-פי התמונה המתקבלת על הנעשה בהדסה מבחינת הסכמי שכר, דרוש תהליך שורשי של טיפול והתייעלות. על הממונה על השכר במשרד האוצר לפעול מעתה ואילך על-מנת ליצור גבולות, לקבוע כללים ולטפל בהסכמי השכר. על הנהלת הדסה, משרד הבריאות ומשרד האוצר לנהל משא-ומתן עם העובדים, שיביא לעידכון הסכמי העבודה, במטרה שתנאי העבודה והשכר יהיו כמקובל במערכת הבריאות הציבורית".