תושבי עין גדי החליטו כי לא יקום בקיבוץ בית כנסת. 69 הצביעו בעד בית הכנסת ו-90 הצביעו נגדו. ראש המועצה האזורית תמר,
דב ליטבינוף הגיב להחלטה: "הכרעתם של תושבי קיבוץ עין גדי נגד הקמת בית הכנסת העתיק והייחודי בשטחם היא טעות מצערת והיסטורית. אין מדובר בבית תפילה 'פשוט', אלא בהעתק של בית כנסת עתיק שעמד בעין גדי לפני כ-1,600 שנה והיה אמור מוקד עלייה לרגל עבור תיירים שוחרי מורשת, תרבות ודת מכל העולם. אנו מכבדים את ההחלטה שהתקבלה באופן דמוקרטי, אולם בכוונתי לבחון אפשרויות להקמת הפרויקט במיקום חלופי שיהיה מוסכם על כולם".
