יעקב אפרתי התנכל למירון חומש, כאשר אפרתי היה מנכ"ל מינהל מקרקעי ישראל בעשור הקודם וחומש שימש כמשנה למנכ"ל - קובע סופית (29.11.16) בית הדין הארצי לעבודה. עם זאת, השופטת
יעל אנגלברג-שהם הפחיתה את הפיצוי שתשלם המדינה לחומש בשל מעשיו של אפרתי.
בשנת 2004 מתח חומש ביקורת חריפה על ההסכם בין המינהל לבין עיריית תל אביב לחילופי שטחים בנמל יפו ואף הגיש תלונה ל
מבקר המדינה. בשל כך נוצר משבר אמון חריף בין חומש לאפרתי, שביקש שלא להאריך את חוזהו. לאחר שנציבות שירות המדינה לא קיבלה את עמדתו של אפרתי, העביר הלה חלק מסמכויותיו של חומש לעובדים אחרים במינהל.
בית הדין האיזורי לעבודה פסק לחומש פיצוי 145,000 שקל, בפסק דין שניתן לפני חמש שנים, כאשר קיבל חלקית את תביעתו (שעמדה על 877,000 שקל). שני הצדדים ערערו, ובית הדין הארצי קיבל בחלקו את ערעור המדינה ודחה את ערעורו של חומש. אנגלברג-שהם אומרת שאין מקום להתערב בממצאים העובדתיים של בית הדין האיזורי, ולפיכך נותרה על-כנה הקביעה לפיה אפרתי התנכל לחומש, אשר מצידו פנה למבקר המדינה רק כמוצא אחרון.
אנגלברג-שהם אומרת כי לא היה מקום לפסוק לחומש פיצוי גם בשל חוסר תום הלב של אפרתי (60,000 שקל) וגם בשל עוגמת הנפש שנגרמה לו (40,000 שקל), שכן הדברים תלויים זה בזה ומדובר בפיצוי כפול על אותה התנהגות. לפיכך, היא העמידה את הפיצוי בגין חוסר תום הלב על 90,000 שקל וביטלה את הפיצוי על עוגמת הנפש. עוד נקבע, כי לא היה מקום להחזיר לחומש את ההוצאות המשפטיות בהן נשא במאבקו לשמירה על עבודתו במינהל (45,000 שקל), שכן גם סכום זה "נבלע" בתוך הפיצוי על חוסר תום הלב. לפיכך, הופחת הפיצוי בשיעור כולל של 55,000 שקל.
הנשיא
יגאל פליטמן, המשנה לנשיא
ורדה וירט-ליבנה ונציגי הציבור ישראל דורון ואמנון גדעון הסכימו עם אנגלברג-שהם. את המדינה ייצג עו"ד גדי שילה, ואת חומש - עוה"ד
חן סומך ונועה ברוק.