שמונה גדודים של צה"ל נערכו (יום ג', 31.1.17) בסביבות המאחז עמונה. זאת, לקראת פינוי סופי של תושבי המאחז. הגדודים מחולקים לשתי חטיבות הנערכות לקראת הפינוי שקיבל בפקודות הצבא את השם 'גן נעול 2'.
שמו של המבצע נגזר משמה של ההיערכות הקודמת של כוחות הביטחון לפינוי עמונה, מלפני כחודשיים - בתחילת דצמבר 2016.
על-פי ההיערכות הנוכחית, צפויים כוחות צה"ל לטפל במעטפת הפינוי - בהפגנות שעלולות להתקיים באזור על-ידי מתנגדי הפינוי ובחסימות כבישים באזור עמונה והיישוב הסמוך עפרה. את הפינוי עצמו צפויים לנהל משטרת ישראל ומשמר הגבול.
בימים האחרונים ערך צה"ל הכנה מנטלית לכוחות המשתתפים בפינוי. בין היתר נערכו סדנאות למפקדים, בשיתוף תיאטרון צה"ל, לצורך הכנת החיילים לתרחישים שונים שעלולים להתרחש בעת הפינוי בעמונה. בין התרחישים - מפגש בין חייל למתנחל שהוא מכיר אישית, חייל שמסרב לבצע את פקודת הפינוי. כמו-כן הועלה תרחיש קיצון של מתנחל שפותח בירי לעבר כפר פלשתיני. "הדגש היה על איך להתמודד עם יהודים שמפגינים, מה הדו-שיח ואיך אתה מתנהל מולם", צוטט אחד המשתתפים בהכנה בעיתון הארץ.
על-פי ההנחיות שהועברו למפקדים - יש לגלות רגישות כלפי החיילים, אך לא לגלות סובלנות כלפי סירובי פקודה. הנחיה נוספת הייתה להורות לחיילים שלא לחבוש את כומתותיהם בעת הפינוי אלא לחבוש 'כובעי ב". זאת, על-מנת שלא ייגרם נזק תדמיתי לאף חטיבה בצה"ל ועל-מנת שלא ייצא מצב שבו תהיה חטיבה מזוהה עם פינוי עמונה.