רמי לוי פגע בצורה אנושה בהתארגנות עובדי חברת ביכורי השקמה, שעסקה בשיווק והפצה של תוצרת חקלאית לסניפי הרשת הנושאת את שמו. בית הדין האיזורי לעבודה בבאר שבע קבע (יום א', 12.3.17), כי ביכורי השקמה והרשת ישלמו להסתדרות פיצוי של 1.5 מיליון שקל על מעשיהן.
הסכסוך החל בשלהי 2015, לאחר שלוי רכש את חלקה של חברת נטו בביכורי השקמה והפך להיות הבעלים היחיד שלה. העובדים הודיעו על רצונם להתארגן במסגרת ההסתדרות, ואז - קובע השופט
יוחנן כהן - החלה סדרה של התנכלויות בלתי חוקיות. בחלק מן המקרים ביצע לוי בעצמו מעשים אלו, ובית הדין מטיל עליו את האחריות גם ליתר הפעולות (אם כי לא מצא שיש לחייב אותו אישית בתשלום הפיצוי).
הרשת זימנה לשימוע לפני פיטורים את מובילי ההתארגנות, נורית אמיתי ועופר שחם. אומנם לצידם זומנו עוד ארבעה עובדים, אך כהן קובע שהאחרונים לא היו אלא הסוואה לכך שמדובר בניסיון לפטר את אמיתי ושחם על-רקע פעילותם. גם תנאי עבודתם של השניים הורעו, ובין היתר הם חויבו לראשונה להחתים כרטיס ונאסר עליהם שימוש פרטי ברכב החברה בשבת. הרעה זו נעשתה במסווה של "חידוד נהלים", אך גם כאן קובע כהן שהמטרה האמיתית הייתה לפגוע בהתארגנות.
עוד מצביע כהן על סרטון בו נראה סמנכ"ל התפעול של הרשת, שמוליק לוי, כשהוא מנסה לשכנע את העובדים לחזור בהם מההצטרפות להסתדרות, ואומר שעדותו של לוי בנושא הייתה כוזבת. גם רמי לוי עצמו איים על העובדים, ובין היתר הזהיר במפורש שיפטר את מי שישבות. במקביל, הכניסה הרשת לעבודה - במחסנים של ביכורי השקמה בתימורים - עובדים חיצוניים, במהלך בלתי חוקי שנועד לשבור את השביתה. בהקשר זה מציין כהן, כי עדותו של אופיר אטיאס - חתנו של רמי לוי וממנהלי הרשת - התאפיינה בהתחמקות ובעמימות.
לבסוף קובע כהן, כי גם ההחלטה למזג את ביכורי השקמה עם הרשת, נבעה במידה רבה ואף מכרעת מהרצון לסכל את התארגנות עובדיה של חברה זו. הוא דוחה את טענתו של לוי - שלא הובא לעדות מטעם החברות שבבעלותו - ולפיה הסיבה למיזוג הייתה כלכלית-עסקית. עם זאת, כהן נמנע מלהורות על ביטולו של המיזוג.
ההסתדרות תבעה פיצוי של 10 מיליון שקל, אך כאמור כהן קבע שהפיצוי יעמוד על 1.5 מיליון שקל. הוא מתאר את מעשיהם של לוי, מנהליו והחברות כ"פגיעה קשה ואנושה בהתארגנות העובדים הראשונית עד כדי העלמתה". נציגי הציבור שלום שגב וחיים נחשוני הסכימו עם כהן. את ההסתדרות ייצגו עוה"ד אלעד מורג ורונית לרך, ואת קבוצת רמי לוי - עוה"ד אלינור אהרונסון וסיגל פעיל.
