במספר מקרים נערכו שינויים בחוות הדעת של רופאי המכון לרפואה משפטית, שהיו החמרה של ממצאים ומסקנות חוות הדעת נגד הנאשם, לכאורה ללא בסיס והנמקה - קובע (יום א', 28.5.17) נציב הביקורת על הפרקליטות,
דוד רוזן, בדוח שלו על יחסי הפרקליטות והמכון.
בתיק אחד נקבע בחוות הדעת הראשונה של רופא המכון, כי "המגע הראשוני עם הרכב, היה קרוב לוודאי [בצד ב']". מסקנה זו תאמה את הגרסה שמסר הנאשם בחקירתו במשטרה. בהמשך, לפני הגשת כתב האישום ובהמשך להשלמת חקירה באמצעות בוחן תנועה, השתנתה המסקנה ונקבע, כי "הנזקים במנוח נגרמו מפגיעה ישירה של הרכב [מצד א']".
בעדותו נשאל הרופא בידי השופט, מדוע היה צריך לבוא שינוי בחוות הדעת אשר אמורה להיות מסקנות מחקירה פורנזית של גופה בלבד, לאחר שהוצגו בפניו נתוני רכב שונים ממה שחשב. הרופא השיב, כי בחוות הדעת הראשונה סבר, כי המנוח נפגע מרכב נמוך פרטי רגיל. לאחר שהוסבר לו שהמדובר ברכב גבוה, הוא שינה את דעתו שכן מנגנון הפגיעה שוּנה. בית המשפט קבע שמדובר בשינוי לגיטימי, אך ציין, כי חוות הדעת השנייה יצרה "ערפל כבד מבחינה ראייתית באשר ליכולת בית המשפט להישען על קביעות רופא המכון כמבססות את כיוון חציית המנוח" - וזיכה את הנאשם מחמת הספק.
הפרקליט פנה, הרופא שינה במקרה אחר כתב רופא המכון בחוות דעתו הראשונה תיאור של מידות מינימליות של להב סכין שפגעה בקורבן. בעדותו בבית המשפט הציג הפרקליט למומחה תמונת סכין שנמצאה בזירה, אליה לא התייחס בחוות דעתו. הרופא השיב, שלהערכתו הלהב שהוצג בתמונה קצר יותר מהלהב בו בוצעו הדקירות בקורבן, וכי הלהב שהוצג לו בתמונה אינו יכול להתאים לכל הפצעים בקורבן. לאחר עדותו, נפגש הפרקליט המטפל עם רופא המכון לצורך שאלות הבהרה, ובהמשך כתב רופא המכון חוות דעת משלימה בה נאמר: "לא ניתן לשלול אפשרות שלהב הסכין הנ"ל גרמה לפצעי הדקירה... הואיל ובהערכת אורך הלהב מבדיקת תעלות הדקירה בגופה יכולה להיווצר סטייה משמעותית".
הדוח מצביע על כך שבתקופת ניהול המכון בידי פרופ'
יהודה היס, הערים המכון קשיים על מומחי ההגנה ועל סניגורים, והמגמה הכללית הייתה חוסר היענות לבקשותיהם של האחרונים. כל אלו היו "התנהלות שאינה ראויה, לא מקובלת ועלולה הייתה, וייתכן שאף הביאה בפועל, לפגיעה בזכויותיהם של נאשמים וביכולתם לנהל הליך הוגן", קובע רוזן.
בתיק אחד דרש המכון שיינתן צו שיפוטי כדי לאפשר לסניגוריה לממש את זכות העיון בחומר חקירה, וגם כאשר ניתן הצו - הפר אותו המכון. לעיתים הוסיף המכון סייגים על צווי בית המשפט, ולא פעם נדרשה התערבות הסניגור או הפרקליט המטפל או בכיר ממשרד הבריאות כדי שהמכון יאפשר לסניגור או למומחה מטעם ההגנה לעיין במוצגים במכון.
בתיק שני, לא מסר המכון את קלטת הנתיחה לסניגורים חרף בקשותיהם וחרף אמירה של בית המשפט שיעשה זאת. רק לאחר שבית המשפט הורה למכון בצו לבצע זאת באופן מיידי, ולאחר התערבות הפרקליט המטפל, נמסרה הקלטת לסניגוריה. גם הפרקליט המטפל סבר, כי המכון התעכב בהעברת החומרים ונקט ב"ביורוקרטיה מוזרה". בתיק שלישי נמצא, כי חלף פרק זמן ארוך עד שהסניגוריה קיבלה את תיק העבודה ונדרשו מספר פניות לפרקליט המטפל, למכון ואף לבית המשפט.
אלתורים והחלטות אד הוק למרות שהמכון הוא הגוף היחיד המספק שירותי רפואה משפטית בישראל, הוא לא נתן חוות דעת לסניגורים. במקרה אחד לא נתן המכון חוות דעת רפואית לפרקליטות, אך פניית הסניגור בבקשה לקבל חוות דעת נדחתה, מהטעם ש"הרופאים המשפטיים המועסקים במכון הינם עובדי מדינה, אין הם רשאים להגיש חוות דעת נגד המדינה".
בעבר אף נמנעה ממומחי ההגנה גישה למכון לצורך ביצוע עבודתם, נערכו ניסיונות מטעם גורמים בכירים במכון "להתחכם" כלפי מומחים מטעם ההגנה כדי למנוע את נוכחותם ואף נעשו פעולות של העלמת מידע כדי שהוא לא יגיע לסניגוריה. אחד הרופאים אמר לצוות הביקורת: "אנחנו גדלנו פה במכון עם מחשבה שבסופו של דבר אנחנו עובדים עם הפרקליטות, מכיוון שאנחנו עובדים עם הגורם המפנה שחוקר את האירוע הספציפי. הפרקליטות מגישה מה שמגישה לבית המשפט, ולנו אסור לשבת עם הסניגוריה".
עובדים במכון בהווה ובעבר, ללא יוצא מן הכלל, אמרו, שלא היו הנחיות ונהלים שמסדירים את ממשק העבודה בין עובדי המכון לבין הפרקליטות או המשטרה. אחד הרופאים אמר: "לא היו נהלי עבודה. היו נהלי עבודה מצחיקים כאלה. היו אלתורים והחלטות אד הוק. לא הייתה עבודה מסודרת כאן". רופא אחר הוסיף: "בגלל שלא היו נהלים ולא הייתה צורת עבודה מסודרת - אנחנו לא כמו במשטרה שכותבים זכ"דים על כל דבר ולכן לא היה שום מעקב. לא על שיחות. לא מי מדבר עם מי. וגם לא זכרנו מה אמרנו".
