תנאי הצפיפות הקשים השוררים בבתי הכליאה בישראל מהווים פגיעה חמורה בזכויותיהם של הכלואים, ובכלל זה בכבודם, בפרטיותם ובבריאותם - קובעת הסניגוריה הציבורית (יום א', 9.7.17). לצפיפות השפעות שליליות על מצבו הגופני והנפשי של הכלוא ועל יחסו לסביבתו, והיא אינה מאפשרת מרחב לפרטיות מינימאלית.
בחלק גדול ממתקני הכליאה, מחריפה בעיית הצפיפות את תנאי המחיה הקשים ממילא, ובכלל זה: תחושת החום והמחנק בתאים; תנאי היגיינה ותברואה ירודים; העדר הפרדה בין המקלחת לשירותים; סדרי אכילה לא נאותים בתאים; מחסור במקומות לאחסון ציוד ועוד.
בבית סוהר איילון התנאים באגף ההפרדה קשים ביותר, מצב התחזוקה ירוד ובמקום שוררים תחושת מחנק וחום כבד. בתאים אין חלונות, והם סגורים במהלך כל שעות היום. בחלק מהתאים הקירות מלאי עובש וטחב, ובאחד התאים נצפו קורי עכביש רבים. אגף הבידוד אף הוא מצוי במצב תחזוקתי והיגייני מחפיר: תאי האגף צפופים וחנוקים בצורה קיצונית ושוררת בהם צחנה. בתאים אין חלונות והתנאים השוררים בתא אינם מאפשרים שהייה של יותר ממספר דקות ספורות. התאים מוזנחים ומלוכלכים, והקירות מתקלפים ומתפוררים. השירותים והמקלחות היו במצב תברואתי ירוד.
באגף ההשגחה והענישה בבית מעצר הדרים התנאים קשים מנשוא והתאים אינם ראויים למגורי אדם: האגף בנוי כמסדרון ארוך ללא חלונות חיצוניים וללא אפשרות לחדירה של אור יום. התאים מחניקים, מלאי לחות וניכר בהם עובש וריח של עשן סיגריות. המבקרים ציינו, כי לאורך הביקור במקום התקשו לנשום. לדעת המבקרים, יש להורות על סגירת האגף באופן מיידי, שכן במקום להגן על שלומם של הכלואים בו - מטרת החזקתם באגף זה מצבם הנפשי מחמיר ונפגעות זכויותיהם החוקתיות והחוקיות לתנאי כליאה הולמים, לבריאות ולכבוד אנושי מינימאלי.
0.77 מ"ר לעציר באילת בבית סוהר נווה תרצה אגף ההפרדה והבידוד מיושן והתנאים השוררים בו קשים ביותר. התאים באגף קטנים מאוד ושורר בהם חום ומחנק. הכלואות אשר שוהות באגף מוחזקות בו על-רקע מצבן הנפשי, או בעקבות צורך להחזיקן בנפרד משאר הכלואות לאור מגבלות כאלו או אחרות - בניגוד לחוק ולמרות התראות חוזרות ונשנות של הסניגוריה לאורך השנים.
בבית סוהר השרון ביקרו נציגי הסניגוריה באגף 14, אשר בעבר הוגדר כאגף הפרדה וכיום שונה שמו ל"אגף השמור". מדובר באגף מוזנח וישן מאוד. על-אף החום והמחנק הקשים השוררים באגף, אין בתאים אמצעי קירור כגון מאוורים או מצננים, מלבד בתא אחד בו המצנן לא היה תקין. בתאים קיימת רטיבות ועובש, והפחים באגף עולים על גדותיהם.
ב-11 מתקנים שוהים הכלואים בתנאי צפיפות קשים, לפחות בחלק מאגפי המתקן. כך לדוגמה: בבית מעצר אילת שטח המחיה הממוצע לכלוא עומד על פחות ממטר מרובע. גודל התא הקטן ביותר עומד על 4.65 מ"ר, הוא מיועד לשישה כלואים, כך ששטח המחיה הממוצע עומד על 0.77 מ"ר בלבד. התאים מכילים מיטות יצוקות מבטון בשתי קומות. בשל גודל התא והאופן בו ערוכות מיטות הבטון, המיטות חוסמות כמעט לחלוטין את המרחב החופשי בתא ואינן מותירות מרחב מחייה מינימאלי. בחלק מהתאים יש מקום בדוחק לכלואים לעמוד לצד המיטה, אך לא מעבר לכך.
בבית סוהר עופר שטח המחיה הוא 2.1 מ"ר לכלוא. בבית המעצר המחוזי בירושלים באחד התאים שגודלו 19.2 מ"ר הוחזקו שמונה כלואים, באופן בו שטח המחייה לכלוא עומד על 2.4 מ"ר בלבד. לאור הצפיפות הרבה השוררת בתא, הכלואים נאלצו להרים את השולחן על המיטה על-מנת לאפשר כניסה של צוות המבקרים. הכלואים התלוננו על כך שהם סגורים בתא המחניק במשך 23 שעות ביממה, בצפיפות וללא מרחב מחייה מספיק.
מקקים, פשפשים וטפילים ב-18 מתקני כליאה נמצאו תנאים היגייניים ותברואתיים ירודים, לפחות בחלק מאגפי המתקן. ישנם בתי סוהר בהם התנאים ההיגייניים והתברואתיים עלולים לסכן את בריאותם של הכלואים. במספר רב של מתקנים נמצאה בעיית מזיקים, אשר גורמים לכלואים לעקיצות ולפצעים. סוגיה זו, מציינת הסניגוריה, עולה בדוחותיה שנה אחר שנה. בבית סוהר השרון יש פשפשים במיטות, ובנווה תרצה מצויים מקקים אפילו בארוניות של האסירות. בבית מעצר ניצן הציגו הכלואים עקיצות רבות - תוצאה של המוני מקקים, פשפשים וטפילים.
ב-16 מתקני כליאה נמצאו ליקויים הנוגעים לשירותים ו/או למקלחות בתאי הכלואים. בחמישה לא קיימת הפרדה מספקת בין תא השירותים והמקלחת לבין חלל המגורים, באופן אשר פוגע קשות בפרטיותם של הכלואים ובניגוד לקבוע בתקנות. בשישה מתקני כליאה הבחינו המבקרים בקיומם של שירותי כריעה (המכונים גם "שירותי בול פגיעה"); בבית סוהר השרון נכלא בתא כזה אסיר נכה, אשר התקשה להשתמש בשירותים. בבית סוהר איילון הותקנו בחלק מהתאים ראשי מקלחת מאולתרים שהורכבו מבקבוקי פלסטיק, השירותים מלוכלכים מאוד ונודף מהם ריח קשה מנשוא.
ב-20 מתקני כליאה שוררים תנאי מזג אוויר קשים, ונמצאו ליקויים הנוגעים להעדר אוורור ותאורה נאותה. כך לדוגמה: בבית סוהר איילון שוררים בתאים חום ומחנק בלתי נסבלים, ואסירים רבים נאלצים לישון על הרצפה על-מנת להקל על עומס החום. בבית סוהר נווה תרצה טענו כלואות, שעל אף תנאי מזג האוויר הקשים השוררים במקום, הן אינן מקבלות מאווררים בקיץ ומפזרי חום בחורף. בבית המעצר המחוזי בירושלים שוררת בתאים רבים תחושת מחנק קשה, וברבים מהם - גם ריח רע.
