מבקר המדינה,
יוסף שפירא, מצא חששות למעשים פליליים בטיפולן של רשויות המדינה בנושא מיכל האמוניה, תוך מתן עדיפות בלתי תקינה לחברת חיפה כימיקלים.
שפירא העביר (יום ג', 18.7.17) את המידע ליועץ המשפטי לממשלה,
אביחי מנדלבליט, בהתאם לחוק המחייב אותו לנקוט בצעד זה כאשר קיים חשש לפלילים. משרד המבקר אומר, כי החששות נוגעים "לטיפול גופי המדינה בנושא קידום פתרונות לאספקת אמוניה למשק לטווח הקצר והארוך".
מהמידע שבידי שפירא עולה חשש, כי הבחינה וההכרעה באשר לתיעדוף חלופות לייבוא האמוניה נעשו לכאורה באופן מוטה כדי להיטיב כלכלית עם חיפה כימיקלים, אגב מידור בעלי תפקידים רלוונטיים במשרד להגנת הסביבה ממעורבות בעניין. כמו-כן, מידע שנמסר לגורמים מוסמכים בנושא השתנה מהותית מפעם לפעם, ולא תאם לכאורה במלואו את העובדות לאשורן.
עוד נראה, מוסיף שפירא, כי מנכ"ל המשרד להגנת הסביבה,
ישראל דנציגר, היה מעורב בנושא בצורה משמעותית וחריגה. לכאורה לא קיים דנציגר את ההסדר למניעת
ניגוד עניינים שנקבע לו באוגוסט 2015, ויש חשש שפעל בנושא תוך ניגוד עניינים ובלא שהתייעץ בעניין זה לפני כן, כפי שהתחייב בהסדר, עם היועצת המשפטית של המשרד.
סאגת מיכל האמוניה נמשכת מספר שנים, כאשר רק החלטתה של עיריית חיפה שלא לחדש את רשיון העסק של המיכל היא שהובילה להוראת בג"ץ לסגור אותו בסוף החודש הבא. השופט
חנן מלצר אף קבע לאורך הדיונים בתיק, כי האשמה מוטלת בראש ובראשונה על חיפה כימיקלים - שידעה במשך מספר שנים שהרישיון לא יחודש, אך לא עשתה דבר כדי לקדם חלופה. הוא גם מתח ביקורת על התנהלות משרדי הממשלה, אשר אפשרו את המשך פעילותו המסוכנת של המיכל ולא הציגו עמדה אחידה ומתואמת בסוגיה.
