מצב שונית האלמוגים באילת יציב, אך מצב זה מתאפשר בעיקר בשל פעולות המשרד ורשות שמורות הטבע והגנים לנהל את גורמי העקה השונים, לרבות הזרמות לים ממפעלים ואירועי זיהום ים חריגים, וכן מאמצים להאט את הפיתוח המואץ המתוכנן במפרץ. יש לשים את שמירת מצבה של שונית האלמוגים באילת בראש סדר העדיפויות בכל החלטה לקידום פיתוח במפרץ אילת על-מנת לשמור על השונית לדורות הבאים בעולם בו מספר שוניות האלמוגים מצטמצם בקצב מהיר - כך עולה מדוח הניטור הלאומי של מפרץ אילת לשנת 2016 שערך המשרד להגנת הסביבה.
בימים אלה מקודמים פרויקטים רבים לפיתוח במפרץ אילת אשר הינם בעלי פוטנציאל להשפיע לרעה על מצב המערכת האקולוגית של שונית האלמוגים, כשהגדול ביניהם הוא פרויקט תעלת הימים המשותף לממשלת ירדן וישראל, אשר נמצא בשלבים מתקדמים מאוד לקראת ביצוע. מעקב רב שנתי של פרמטרים כימיים, פיזיקליים וביולוגיים במפרץ הינו חיוני לצורך תכנון נכון של הפרויקט ומזעור הנזק העתידי לשונית. מעקב אחר מצב השוניות במפרץ מהווה גם תנאי שהוצב ע"י הגופים הבינלאומיים התורמים לפרויקט, דוגמת USAID ובנק ההשקעות האירופי, כך שלמעשה הניטור מהווה תנאי להצלחת הפרויקט.
במהלך החודש האחרון נצפתה תמותת דגים חריגה בשונית של אילת, עם כ-200 דגי שונית שמתו תוך שבוע. הניטור הלאומי היווה מרכיב חשוב בחקר הסיבה לתמותה זו. אירוע גדול נוסף שהתרחש באילת היה פתיחתו של חוף קצא"א לציבור הרחב. שונית האלמוגים באתר הפכה בין לילה מאתר טבעי ובלתי מופר לאתר הצלילה הצפוף ביותר באילת. הניטור הלאומי ישמש בשנים הקרובות ככלי מרכזי לבחינת ההשפעה של פתיחת החוף על מצב השונית באילת וכן על יעילות מודל הניהול של "החוף האקולוגי" שגובש באתר.
ממצאי הדוח מעלים כי מצבה הכללי של שונית האלמוגים באילת נמצא במגמת שיפור בעשור האחרון. מגמת הירידה באחוז כיסוי החי של אלמוגי אבן שנמדדה בין השנים 2014-2015 התמתנה. הדוח מציין את אתר קצא"א, בו צפיפות האלמוגים הינה הגבוהה ביותר ביחס לאתרים אחרים שנבדקו, בעיקר בשל היותו אתר סגור למתרחצי וצוללים. ישנה כוונה לפתוח את האתר למתרחצים, מה שעלול להשפיע לרעה על השונית באתר זה.
באשר לטמפרטורת המים עולה כי מגמת העלייה בטמפרטורת המים העמוקים נמשכת. במקביל, נמדדת עליה מתמשכת גם בטמפרטורת פני הים מאז 1988 בקצב שנתי ממוצע של כ-C° 0.036.
כבשנים קודמות, ממליצים כותבי הדוח: לנקוט משנה זהירות בכל הנוגע לפעולות העלולות לפגוע בשונית, לרבות פיתוח מואץ בחופים והזרמה של נוטריינטים לים. לאסור כליל דייג של דגים אוכלי אצות בצפון המפרץ ולפעול להגנתם מפני פגעים נוספים מעשה ידי אדם. ולהכריז על שמורת טבע ימית בחוף הצפוני במטרה להגן על מרבדי עשבי הים שם.
