ועדת החוץ והביטחון של הכנסת אישרה תקנות המסדירות את נוהל שלילת הכרה של משרד הביטחון בישיבה לצורך דחיית גיוס או לצורך הכרה בה כישיבת הסדר.
על-פי התקנות שאושרו, יהיה רשאי שר הביטחון לשקול הסרה או התלייה של ישיבה מהרשימה המוכרת על-ידי משרד הביטחון אם נעשתה קריאה לאלימות נגד חיילי צה"ל על-ידי הנהגת הישיבה, או אם חדלו להתקיים התנאים המאפשרים הכרה בישיבת הסדר בכך שתוכנית הלימודים בה כוללת הכנה ועידוד לשירות צבאי משמעותי.
ביחס לישיבות גבוהות ציוניות ולישיבות גבוהות וכוללים חרדיים, שתלמידיהם דוחים את הגיוס לצה"ל, תישאר הסמכות של שר הביטחון המאפשרת לו להסיר ישיבה מן הרשימה, אם התקיימו נסיבות המצדיקות זאת.
במהלך הדיון שאלה ח"כ שולי מועלם-רפאלי (
הבית היהודי) את נציגת משרד הביטחון האם אמירה כלשהי נגד פקודת השירות המשותף על-ידי ראש ישיבה, תיפול בגדר סירוב פקודה. נציגת משרד הביטחון השיבה על כך בחיוב. משמעות הדבר היא שכל התבטאות של ראש ישיבה ציונית נגד פקודת השירות המשותף הממסד שירות צבאי משותף לגברים ונשים - מהלך שאליו מתנגדים כמעט כל רבני הציונות הדתית - תעמיד את המוסד שבראשו הוא עומד לסילוק ממסלול ההסדר, או דחיית השירות.
ח"כ מוטי יוגב (הבית היהודי) טען בדיון כי אין זה מידתי לפגוע במוסד בשל פעולה של איש אחד, גם אם הוא עומד בראשו, ואם אותו איש פשע, הרי שיש לפעול נגדו בכל המישורים. על כך השיבה עו"ד הילה ארליך מהלשכה המשפטית במשרד הביטחון כי החוק אינו מקנה לשר הביטחון סמכות לגבי העברה מתפקיד או פיטורין של ראש ישיבה, אלא רק לגבי הכרה בישיבה כמוסד, והיא אינה יכולה לייצר לשר סמכות שאינה קבועה בחוק.
עו"ד ארליך הוסיפה כי בהחלט ייתכן מצב שבעת השימוע אותו מחויב השר לקיים לישיבה שנשקלת הסרתה מהרשימה, הוא יוכל להגיד לישיבה כי אם יבחרו להיפרד מאותו האדם, הרי שלא יממש את סמכותו. אולם אפשרות זו אינה מעוגנת בתקנות שאושרו.
