חוקרי מצ"ח (המשטרה הצבאית החוקרת) עורכים תשאולים של חשודים, אינם מחתימים אותם על הודעותיהם אלא מסתפקים בתמציות קצרות וחד-צדדיות. התביעה הצבאית סבורה שמדובר בפרקטיקה לגיטימית ומסרבת לשנות אותה. כך מגלה (1.8.17) דוח הסניגוריה הצבאית לשנים 2016-2015. בחקירות של רשויות אזרחיות קיימת חובה לתעד בכתב את תשובותיו של החשוד, והוא מקבל את האפשרות לעבור על הרישומים ולתקנם לפני שהוא חותם עליהם. במספר הולך וגדל של תיקים מתקיים גם תיעוד ויזואלי של החקירות, המאפשר הן לוודא שלא מופעלים כלפי החשוד אמצעים פסולים והן לבדוק את נכונות הודעותיו. מדוח הסניגוריה הצבאית מתברר, כי זכויות יסודיות אלו נשללות מחיילים. לטענת הסניגוריה, מדובר במדיניות אשר "מפלה חיילים לרעה ופוגעת בזכותם להליך הוגן, שכן היא פוגעת באפשרות לעמוד על התפתחות החקירה ועל פגמים במסגרתה. כך, נפגעת ההרמוניה הנורמטיבית הנדרשת, בין ערכי מערכת המשפט הצבאית לאזרחית, בהעדר טעם ראוי להבחנה ביניהם". אולם התביעה הצבאית העניקה גיבוי לחקירות אלו, אם כי חידדה בפני מצ"ח את הדרכים לעריכתן. הסניגוריה מבהירה, כי תשובה זו אינה מספקת אותה והיא ממשיכה לפעול לשינוי מצב הדברים. מאבק עקרוני נוסף של הסניגוריה הצבאית הוא בנושא חיפושים בטלפונים סלולריים של חיילים חשודים. מדובר ב-2,000 חיפושים כאלו שלדברי מצ"ח נערכו בשנה האחרונה בהסכמת החיילים - כפליים ממספר כתבי האישום שמוגשים בעקבות חקירות מצ"ח. בית הדין הצבאי לערעורים קבע אשתקד, כי על מצ"ח לקבל צו חיפוש משופט; בית המשפט העליון דחה את בקשת התביעה הצבאית לערער על פסק דין זה. הדוח חושף מקרה חמור, בו קיבלו גורמי החקירה מבית המשפט פעמיים צווי חיפוש על סמך מידע מוטעה שמסרו לו. נשיאת בית הדין בפיקוד הצפון קבעה, כי מדובר ב"התנהגות חמורה שבצידה פגיעה לא מבוטלת בטוהר ההליך השיפוטי ובהגינותו".