בשל הגבלת מהירות בקו בית שמש-ירושלים, הנובעת מאילוצים תפעוליים, תפוצל תנועת הרכבות בין ירושלים לבית שמש ובין בית שמש להרצליה.
הרכבות מירושלים ואליה תסיימנה ותחלנה נסיעתן בתחנת בית שמש. לנוסעים למרכז הארץ יינתן שירות באמצעות רכבת שתופעל מתחנת בית שמש ואליה.