קודם לכניסת הצום מתקיימת בבסיסי הצבא סעודה מפסקת בשרית עשירה, המסתיימת בפרק זמן המאפשר לטבחים הצבאיים לסיים את הניקיונות קודם לכניסת הצום.
באגף הטכנולוגיה והלוגיסטיקה של צה"ל נערכו ליום הכיפורים. בערב היום אוכלים החיילים שתי ארוחות הכוללות מגוון רב של אבות מזון. את הסעודה המפסקת פותח מרק אטריות צח, בורקסים הממולאים בתפוחי אדמה ומבחר סלטים. במנה העיקרית בחרו החיילים בין צלי בקר ברוטב פטריות, ירכי עוף בעשבי תיבול ושום, אורז עם לקט ירקות ותפוחי אדמה אפויים. לפני הצום, המליצו באט"ל, לשתות חצי כוס מים עם תמצית תה, ללא סוכר.
חדרי האוכל הצבאיים והשק"ליות (קנטינות צבאיות) סגורים במהלך כל החג. צה"ל מאפשר לחיילים אשר אינם צמים קבלת מנות אוכל אישיות קודם הצום. לרוב המדובר במנות קרב, ואולם רוב החיילים שאינם צמים מעדיפים להיות ניזונים ממזון שקנו, או הביאו מביתם קודם לצום.
הרבנים הצבאיים וסגל הדת הצטוו להישאר בכל בסיסי הצבא, ולצורך המשימה אף גויסו 150 חיילים מישיבות ההסדר הנמצאים בשירות ללא תשלום בגיוס מילואים. אליהם יצטרפו מורים חיילים שיתגברו בתפילות את אנשי הרבנות הצבאית.
הרב הצבאי הראשי, תא"ל איל קרים, הורה לדאוג לשליח-ציבור בכל בסיס, והרבנויות השונות אף דאגו להקמת עזרות נשים לחיילות ונשות אנשי הקבע וחיילי המילואים, בבתי כנסת בהם מתפללים במהלך שאר ימות השנה רק חיילים. באיגרת ששלח ליחידות הצבא כתב בין היתר: "הצבתי בנשימה אחת גם את התביעה לקירוב לבבות ולהעמקת האחדות בקרב חיילי צה"ל ומפקדיו. מאז ומקדם הייתה האחדות תנאי הכרחי לקיומו של עם ישראל, אך בימינו אנו אני חש כי מדובר על צו השעה של ממש. לא פעם אנו עדים לאווירת מחלוקת, המבקשת לעמת ולהעצים את המחנאות והפלגנות. יום אחד בשנה מאפשר לנו להתעלות מעל לאווירה זו, ולהתייצב לפני הקב"ה יחד".
על-פי פקודות מטכ"ל, כל חייל הרוצה בכך, מורשה לנעול נעליים שאינן נעלי עור, כמתחייב מן ההלכה היהודית. לקראת סיום הצום יתקעו בכל בסיסי צה"ל בשופרות, שנשארו בבתי הכנסת מהימים שקדמו לראש-השנה.
כמתחייב בפקודות הצבא, הרבנות הצבאית החלה במסע התעוררות נרחב ביחידות הצבא השונות עוד בתחילת חודש אלול. מעבר לפעילות ההסברתית חילקה מחזורים ליחידות השונות, ודאגה לפזר בעלי תפילה ברוב בתי הכנסת. המטרה היא שלפחות ביום כיפור, בכל מקום שיהיה בו מניין יתאפשר לספק גם שליח ציבור ראוי.
