עמותת בני ברוך תובעת 3 מיליון שקל מהמרכז לנפגעי כתות, בטענה ללשון הרע בכך שהמרכז הגדיר אותה ככת. את העמותה הקים הרב ד"ר
מיכאל לייטמן והיא עוסקת בלימודי קבלה.
לדברי העמותה, מאחורי המרכז עומד למעשה הארגון החרדי "יד לאחים", אשר המרכז מהווה רק "כסות חילונית" לפעילותו. לדבריה, פעילי "יד לאחים" הקימו את המרכז ותופסים בו עמדות מפתח, בפרט המנכ"ל רחל ליכטנשטיין (הנתבעת גם היא לצד פעילים נוספים).
לטענת העמותה, המרכז מנהל נגדה מסע הכפשה ממושך, שמטרתו שימור ההגמוניה הדתית של ארגונים חרדיים קיצוניים, וסיכול התפתחותן ופריחתן של קבוצות וזרמים דתיים ורוחניים חדשים. לדבריה, המרכז מעלה נגדה האשמות שווא חמורות, מציג את העובדות בצורה מעוותת וחלקית, ואף משדל אחרים להגיש תלונות נגדה ולפגוע בה ובחבריה, לרבות באמצעות פרסומים ממומנים של אותן דיבות.
בני ברוך מבקשת מבית המשפט לחדש את התביעה אותה הגישה במאי 2010 נגד המרכז ואשר הסתיימה בהסכם פשרה שקיבל תוקף של פסק דין. זאת, בטענה שהעמותה הוטעתה על-ידי המרכז להסכים להסדר זה, וכן לנוכח הפרה בוטה של ההסכם במסגרתו התחייב המרכז לחזור בו מהאשמותיו השקריות, לפרסם התנצלות פומבית ולא לכלול את שמה ברשימת הכתות המתפרסמת באתר האינטרנט שלו. טרם הוגש כתב הגנה.
