בשירות רכבות הלילה מיישובי הדרום שנכנס לאחרונה לתוקף התגלה פגם תכנוני. נוסעים שהגיעו מדרום הארץ וירדו בתל אביב ראו את הרכבת הנוסעת צפונה חולפת על פניהם, ונאלצו להמתין שעה כדי להחליף רכבת.
הסיבה לכך הייתה שזמני רכבות הלילה מהדרום סונכרנו עם הרכבות מצפון הנוסעות לנתב"ג, אך לא לרכבת בכיוון הנגדי.
בעקבות תלונות נוסעים, שופרו זמני החלפת הרכבות בין הרכבות מדרום לרכבות צפונה. זמני ההחלפה עומדים כעת על כ-8 דקות, זמן שיותיר לבאים מדרום פרק זמן הולם להחליף לרכבת הנוסעת צפונה. יצוין, כי נוסעי הרכבת מדרום המגיעה לתל אביב בחצות, הנחשבת לרכבת יום, ייאלצו להמתין הרבה יותר אם ברצונם להגיע צפונה - שעה ו-42 דקות.
לשינוי האמור יש מחיר - משך המתנה ארוך יותר לרכבת לנתב"ג. הנוסעים מתחנות הדרום לנתב"ג, אשר מחליפים רכבת בתחנת תל אביב ההגנה, ימתינו עד 25 דקות (ובשעות מסוימות - 7 דקות), בהנחה שהרכבות היוצאות מנהריה לא תאחרנה להגיע. בעקבות השינוי, משך הנסיעה מתחנת באר שבע מרכז לנמל התעופה בן-גוריון יגיע לכדי שעתיים ו-21 דקות.
רכבות הלילה מדרום, הפועלות מחצות עד שש בבוקר, יוצאות מתחנת באר שבע מרכז ועוברות בתחנות אופקים, נתיבות, שדרות, אשקלון, אשדוד, יבנה-מערב, ראשל"צ משה דיין ובת ים יוספטל, ומסיימות את נסיעתן בתחנת תל אביב.
