יו"ר דירקטוריון מפעל הפיס,
עוזי דיין, ומזכיר הפיס, ירון לוסקי, פעלו תוך טשטוש הגבולות בין דרג הניהול והביצוע לבין הדירקטוריון. הם יזמו התקשרויות בפטור מכרז, וגרמו להוצאת כספי ציבור ללא קריטריונים סדורים. דיין התערב באופן ישיר בניהול השוטף של הפיס והטיל על לוסקי תפקידים שאינם במסגרת סמכויותיו, וכך היה הלה מעורב בניהול המפעל באופן חריג ושיטתי. כך קובע (יום ג', 8.5.18)
מבקר המדינה,
יוסף שפירא.
דיין לא קיים את האיזון הנדרש בהפרדה שבין הדירקטוריון לבין הדרג המנהל, וחטא לתפקידו העיקרי כמפקח על פעולות הנהלת המפעל. הוא הורה ב-2011 למנהלת אגף משאבי אנוש, כי "כל פעולה בהתייחס לקליטה, פיטורין, שינוי בדרגה, איוש תקנים שהתפנו ושינוי בשכר במפעל תתבצע אך ורק באישור היו"ר מראש", וזאת בניגוד לנהלים ולתקנון. ההוראה בוצעה ודיין התערב בנושאי כוח אדם גם בדרך נמוך. היא ניתנה תוך עקיפתו של ממלא-מקום המנכ"ל דאז, דב קרומר. דיין טען שמדובר בהוראה ישנה; המבקר מצא, כי היא בוטלה שלוש שנים קודם ודיין חידש אותה.
דיין התערב בניהול השוטף גם ע"י כך שהטיל על לוסקי תפקידים שאינם בגדר אחריותו - את תפקיד הממונה על היועצים המשפטיים החיצוניים ואת תפקיד יו"ר ועדת הנהלים (תפקיד שבעבר מילא המנכ"ל או ראש המטה שלו). כמו-כן הסמיך דיין את לוסקי לגבש את הגדרות התפקיד לעורכי הדין החדשים שגויסו למפעל ולהיות שותף פעיל לתהליך בחירתם, ובמשך מספר שנים הוא אף היה האחראי על העסקתם.
עוה"ד שרשם את המפלגה דיין מנע את ביצוע החלטת הדירקטוריון לקיים ליועצת המשפטית שימוע (בעקבות חשד לפיו הייתה מעורבת לכאורה במקרה מסוים במסגרת העבודה) וחתם עמה על הסכם להסדרת הפסקת עבודתה מבלי ליידע את
אלי דדון, ששימש אז כמנכ"ל הפיס, אודות תנאיו המלאים ומבלי לקבל מראש את אישור הדירקטוריון ומשרד האוצר. לאחר מכן האריך את תקופת העסקתה, גם הפעם ללא אישור; לבסוף הוא ביטל את ההסכם ואיפשר לה שוב לעבודה סדירה.
ביוני 2011 דיווח דיין לדירקטוריון בעל-פה על עיסוקיו הנוספים, אך הוא היה חלקי בלבד ולא כלל גם את הכנסותיו של דיין. הדירקטוריון לא דן בנושא וממילא לא אישר את העיסוקים הנוספים. רק במהלך הביקורת, ביולי 2016, מילא דיין שאלון נושא משרה; עם זאת, גם במסגרת זו, הוא לא הרחיב בנוגע לעיסוקיו הנוספים מעבר לדיווחו ביוני 2011.
בנובמבר 2011 הציג דיין בפני הדירקטוריון מועמד אחד לתפקיד היועץ המשפטי לדירקטוריון, והבהיר שאינו מבקש אישור להעסקתו. דיין לא דיווח, כי היה זה עורך הדין שרשם את המפלגה שאותה הקים.
לוסקי דרש חשאיות על עיסוקיו לוסקי - מינוי אישי של דיין במשרת אמון - חרג מתחומי אחריותו שעה שהיה מעורב בהליכי העבודה במפעל, לא פעם בידיעתו של דיין. הוא נתן הנחיות ישירות למנהלת אגף משאבי אנוש ולעובדיה (בעניינם של עובדים אחרים ובענייני שכרו שלו) והתערב בקביעת תנאי מכרזים להתקשרויות עם ספקים ובניסוח נהלים פנימיים.
לוסקי מועסק בחצי משרה ורשאי להמשיך בעיסוקים נוספים, בתנאי שלא יגרמו ל
ניגוד עניינים. אלא שהדיווח שמסר על עיסוקיו אלו היה לקוני, מבלי לפרט את שמות החברות ואת שכרו בהן. הוא אף דרש - ודרישתו התקבלה - שהמסמך לא יועבר לעיונם של חברי הדירקטוריון בנימוק של "צנעת הפרט". הדירקטוריון לא דן בעיסוקים הנוספים וממילא לא אישר אותם.
לוסקי נתן לעצמו הקלות: הוא לא הקפיד על דיווח שעות נוכחות, לעיתים דיווח בדיעבד, לעיתים דיווח באמצעות מזכירתו, והורה לאגף משאבי אנוש להזין מראש את כל שעות עבודתו. הוא הודיע למנהלת האגף, כי אינו מתכוון לדווח על שעות עבודתו ודרש שהדבר לא יפגע בשכרו. יתרה מזאת: בשנת 2013 הוקפץ שכרו ב-20% עד לתקרה שנקבעה קודם לכן, למרות שמותר להעלות את השכר לכל היותר ב-5% בשנה.
הצדקה בדיעבד לתשלומים פסולים מתוך 22 הסכמים אישיים שחתם הפיס מאז 2005, לא עברו 17 לאישור הממונה על השכר. בהסכמים אלו נמצאו חריגות מהכללים, והפיס אישר לעצמו בדיעבד את ההימנעות מהגשתם לממונה. מדובר בדרך לא ראויה ובשימוש לא נאות בכספי הציבור, קובע שפירא. הוא דורש מן הממונה לקבל לעיונו את ההסכמים ובמידת הצורך - לתבוע החזרת כספים.
שכרם של בכירים בפיס הועלה באופן רטרואקטיבי ובצורה חדה, בניגוד להנחיית הממונה על השכר, הקובעת, כי יש להגדיל בהדרגה את שכר הבכירים, עד לתקרת השכר, על-פי הישגיהם ותרומתם לגוף. ההעלאות הרטרואקטיביות בוצעו כדי להימנע מקיזוז סכומים ששילם המפעל לבכירים בטעות וכדי להצדיק החלטות שקיבל הפיס בעבר.
בינואר 2015 דנה ועדת המכרזים בבקשתו של לוסקי לאשר התקשרות בפטור ממכרז לקבלת שירותי ייעוץ ממשרד עורכי דין מסוים, עבור ועדת משנה של הדירקטוריון שהוקמה אד-הוק, בנימוק שיש לו מומחיות ייחודית בנושא דיני עבודה. הוא ודיין לא עדכנו את הוועדה, שלמעשה כבר החלו לעבוד עם המשרד. לאחר שוועדת המכרזים דחתה את הבקשה, עקף אותה דיין והעסיק את המשרד כיועץ לדירקטוריון תמורת 85,000 שקל.
פרויקט הספרים ירד לטמיון במאי 2013 החל דיין לפעול בשיתוף עם מנכ"ל חברת ספרים מסוימת ובשיתוף קצין חינוך ראשי, כדי לקדם את הפרויקט "חייל של ירושלים", במסגרת הפרויקט כל חייל יבקר בירושלים לפחות פעם אחת במהלך שירותו, יקבל ספר הדרכה וגישה ליישום דיגיטלי. בינואר 2014 הציג דיין לפני המועצה את הפרויקט וביקש לתקצבו במיליון שקל; שאר המימון אמור להגיע מעיריית ירושלים ומצה"ל.
דיין לא ציין, שהוא כבר החל לעבוד עם חברת הספרים לקידום הפרויקט, ולמעשה כבר קבע שהיא תהיה החברה שתוביל אותו ושממנה ירכוש מפעל הפיס את הספרים שיחולקו לחיילים. הפרויקט אושר בדירקטוריון בקולו הכפול של דיין, לתקופת ניסיון של חמישה חודשים. אבל אחרי חודשיים חתם הפיס עם ההוצאה על הסכם לחמש שנים. בפועל, הפרויקט גווע במהירות - אחרי שהפיס השקיע בו 1.6 מיליון שקל שרובם ירדו לטמיון.
חלק מהדירקטורים נעדרו מישיבות רבות, לעיתים קיבלו החלטות בלא שדרשו שמלוא המידע יהיה בידיהם, או אישרו את החלטותיו של דיין בלא להרהר אחריהן ובוותרם על שיקול דעת עצמאי. כך למשל במינויו של היועץ המשפטי לדירקטוריון (אשר לו קשרים שלא דווחו עם דיין); במינויו של לוסקי (מבלי שהדירקטוריון בחן את הסכם העסקתו, את עיסוקיו הנוספים ואת החשש שיהיה בניגוד עניינים); ובמינויים של חברי ועדת הביקורת של קרן ספיר, המעניקה את הפרס הספרותי היוקרתי (אשר להם היכרות קודמת עם דיין, שלא דווח עליה).
האסיפה הכללית לא מילאה את תפקידה כנדרש בעת שהחליטה על מינוי חברי ועדת הביקורת: דיין הציע את המועמדים, האסיפה הכללית לא דרשה פירוט ומסמכים לביסוס ההחלטה, ואישרה את הצעת דיין כפי שהועלתה, למרות שדיין כבר הכיר קודם לכן את המועמדים שהציע.
בשנים 2016-2013 שילם הפיס למשרדי עורכי דין פרטיים 18 מיליון שקל עבור ייעוץ משפטי, גם בגין נושאים הקשורים לליבת פעילותו וזאת ללא פיקוח ובקרה של היועצת המשפטית שלו.