חשיבות ציבורית, היכולת להשפיע בזמן אמת ומניעת נזק חמור ואף בלתי הפיך - אלו קני המידה על פיהם יחליט משרד
מבקר המדינה האם לערוך ביקורת בזמן אמת. כללים אלו מופיעים במדריך הביקורת המעודכן שאת עיקריו מפרסם (יום ד', 12.9.18) משרד מבקר המדינה.
את הביקורות בזמן אמת החל המבקר הקודם,
מיכה לינדנשטראוס, והרחיב משמעותית המבקר הנוכחי,
יוסף שפירא. גורמים פוליטיים וממשלתיים יצאו נגד ביקורות אלו, בטענה שמדובר בהתערבות בתהליכי קבלת ההחלטות. משרד המבקר אומר, כי חובתו להתריע ולמנוע מראש, ולא רק לחשוף ולבקר בדיעבד.
מדריך הביקורת עודכן לאחרונה בשנת 1987, ואת העידכון הנוכחי ביצעו עשרות מעובדי המשרד בראשות המנכ"ל, אלי מרזל. על-פי המדריך, תכנון עבודת הביקורת ייעשה על בסיס "מפת סיכונים" שהגופים המבוקרים חשופים להם במסגרת עבודתם, שכן בדרך זו יעלה הסיכוי שביקורת המדינה תמקד את משאבי הביקורת בנושאים ובאירועים המשמעותיים ביותר.
עוד אומר משרד המבקר, כי עיסוקה של הביקורת בסוגיות רגישות הנוגעות לטוהר מידות ולהמלצות אישיות, חייבה התאמות. המדריך החדש קובע נהלים סדורים לביצוע שימוע למבוקרים ומתן זכות עיון בחומרי הביקורת. שינויים אחרים הוכנסו לנוכח העובדה שרוב המסמכים נוצרים כיום באמצעים דיגיטליים. לפיכך, נקבעו נהלים לאיתור מידע בדואר אלקטרוני של עובדים בגוף המבוקר, וכן נקבעו שיטות עבודה לכריית מידע, ניתוח והסקת מסקנות - תוך שמירה על פרטיותם של המבוקרים.
המדריך כולל גם מתודולוגיות חדשניות כגון שיתוף הציבור (שיטה בה נעשה שימוש בדוח השנתי האחרון), ביקורת בתחומי יעילות וחיסכון, ביקורת בתחומי טכנולוגיות המידע וביקורת על ניהול פרויקטים מחשובים, ביקורת בתחום אבטחת המידע, וביקורת בתחום ההיערכות לסיכוני סייבר. המדריך החדש קובע את דרך הגדרת המלצות הביקורת בצורה אפקטיביות וממוקדת, באופן שתניע את הגוף המבוקר לפעולה.