בשל מיעוט הנוסעים בקו הרכבת המהיר לירושלים, חתם (יום א', 18.11.18) שר התחבורה והבטיחות בדרכים, ישראל כ"ץ, על צו שיאפשר נסיעות חינם לא רק מירושלים לנמל התעופה בן-גוריון, אלא גם בכיוון ההפוך, במהלך תקופת ההרצה.
תקופת ההרצה אמורה להסתיים ב-22 בדצמבר 2018, ולאחריה צפויים גם הנוסעים מנתב"ג לקבל הנחה של 50% מהתעריף המלא, בתקופה המתחילה ב-23 בדצמבר 2018 ומסתיימת ב-22 בספטמבר (כולל) או עד להארכת הקו לתחנת השלום (המוקדם מביניהם). בשבוע שעבר העריך מנכ"ל
רכבת ישראל שחר איילון כי תאריך פתיחת הקו ייפתח במלואו עד תל אביב בתאריך 1 באפריל 2019.
ועדת המחירים המשותפת למשרדי האוצר והתחבורה העריכה תחילה את עלות ההטבה בכ-37 מיליון שקל. כעת, עם חתימת הצו על-ידי השר כ"ץ ייתכן שהעלויות למדינה תהיינה גבוהות הרבה יותר, ככל הנראה בכמה מיליונים.
עד כה, ניתן היה לנסוע רק מתחנת נבון בירושלים, לכל תחנות הרכבת בארץ ובחזרה (הלוך ושוב), ללא תשלום. אולם מי שביקש לנסוע מנתב"ג ולא יצא תחילה מירושלים, לא קיבל את ההטבה.
משרד התחבורה ורכבת ישראל ביטלו בשבוע שעבר את הצורך ברישום מוקדם לנסיעות בקו הרכבת החשמלית לירושלים, שהונהג עם תחילת תקופת ההרצה, במטרה להגדיל את מספר הנוסעים הנמוך. מעתה, ניתן לנסוע בקו הרכבת לירושלים וממנה באמצעות כרטיס רב-קו, והנוסעים אינם נדרשים עוד להנפיק שובר נסיעה מיוחד עבור הנסיעה.
הרכבת החשמלית לירושלים, הפועלת בימים אלה במתכונת הרצה, מוגבלת ל-400 נוסעים בלבד בכל נסיעה. הרכבת תמשיך לפעול בשלב זה במתכונת של שתי רכבות בשעה לכל כיוון, החל מהשעה 06:30 בבוקר ועד לשעה 19:30, בימים ראשון עד חמישי. סך הכל 54 רכבות ביממה. מנתוני הרכבת עולה כי מתחילת תקופת ההרצה של הרכבת, שהחלה בחול המועד סוכות, ה-25 בספטמבר 2018, נסעו ברכבת לירושלים וממנה יותר מ-222 אלף נוסעים, מספר נמוך יחסית.
