זמן הנסיעה בפועל ארוך בהרבה מהמתוכנן; תדירות נמוכה מכפי שנקבע בהסכם הזיכיון; צפיפות בקרונות; מכונות כרטוס מדור ישן; העדר פיקוח על שעות העבודה והמנוחה של נהגי הרכבת. המדינה וסיטיפס לא מסוגלות להגיע להסכמות בנוגע לשיפור רמת השירות לנוסעים. חילוקי דעות ומו"מ מתמשך ביניהם גרמו לעיכוב בקידום פרויקט ההארכות והשלוחות של הקו האדום.
אלו הם (יום ד', 13.3.19) עיקרי ממצאיו של
מבקר המדינה,
יוסף שפירא, בנוגע לרכבת הקלה בירושלים. לדבריו, מערכת היחסים העכורה בין המדינה לסיטיפס, המתבטאת בקושי רב להגיע לידי הסכמות, אינה מיטיבה עם ציבור המשתמשים בשירותי הרכבת, מאחר שהיא אינה מאפשרת היענות מהירה לצורכיהם ולמציאות המשתנה, ומגבילה יוזמות חדשות לפיתוח תחום התחבורה הציבורית ולשיפור רמת השירות במהלך תקופת הזיכיון.
זמן הנסיעה הממוצע בפועל של הרכבת הקלה ארוך מכפי שנקבע בהסכם הזיכיון. זמן הנסיעה הממוצע בימי חול שגרתיים בשנת 2017 היה 47-46 דקות לעומת 39 דקות. זמן הסבב הממוצע היה 93 דקות לעומת 78 דקות; בסוף 2018 הפער הוקטן אבל עדיין עמד על 15 דקות.
בהסכם הזיכיון התחייבה סיפיפס, כי תדירות ההגעה של הרכבות תהיה אחת ל-4.5 דקות בשעות השיא בבוקר ואחת ל-5 דקות בשעות השיא בערב, אולם לאחר מועד ההפעלה הופחתה התדירות בהסכמה בין המדינה לסיטיפס והיא עומדת על אחת לשש דקות - למרות גידול של 23.5% במספר הנוסעים ב-2018 לעומת 2015. מספר הרכבות בשעות השיא הופחת מ-103 ל-80 - וכך גדלה הצפיפות והשירות נפגע קשות;
משרד התחבורה אינו בודק את רמת הצפיפות. המדינה אינה גובה מסיטיפס קנסות במאות אלפי שקלים בשל האיחורים. היא גם אינה מחייבת את סיטיפס למסור מידע בזמן אמת, אותו ניתן להעביר לנוסעים באמצעות אפליקציות.
במועד סיום הביקורת, יותר משש שנים לאחר שהוחל בהפעלת הרכבת הקלה, המדינה טרם אישרה באופן סופי את התאמת מערכת הכרטוס לדרישות ההסכם, זאת כיוון שחלק גדול מבדיקות המערכת שביצעץ סיטיפס הסתיימו בכישלון, היו חלקיות או לא היו מקובלות על המדינה.
מיד עם הפעלת הרכבת הקלה התגלו בעיות תפעוליות ותקלות חוזרות ונשנות במכשירי הכרטוס והתיקוף, הגורמות לפגיעה ניכרת באיכות השירות לנוסעים. מאז 2013 מתקיימים דיונים בין המדינה לבין סיטיפס בנושא שדרוג מערכת הכרטוס והתאמתה ל"דור שני" של מכשירים. אולם למעט שינויים מזעריים במערכת הכרטוס והתיקוף, טרם נעשו פעולות לשדרוגה באופן מהותי.
החל משנת 2014 ניהלה המדינה מו"מ עם סיטיפס בדבר הארכת הקו האדום צפונה ודרומה וכן בדבר הוספה של שלוחות לעבר גבעת רם ולעבר הר הצופים. באפריל 2016 דיווח צוות המו"מ למנכ"ל משרד התחבורה דאז, כי המו"מ נמצא בשלבי סיום, אך למקרה של כישלון בוצעה היערכות ליישום חלופות שונות, ובהן: פרסום מכרז נפרד לביצוע פרויקט ההארכות והשלוחות בשנת 2016; הוספת תכולות הפרויקט למכרז הקו הירוק ופרסום מכרז משותף ברבעון האחרון של שנת 2016. אלא שבפועל המו"מ נכשל וגם החלופות לא יושמו.
על-פי החלטת ועדת המכרזים הבין-משרדית, פרויקט ההארכות והשלוחות של הקו האדום ישולב במכרז עתידי להקמה ולהפעלה של הקו הירוק. במועד סיום הביקורת, מכרז זה נמצא רק בשלב המיון המוקדם, ועל-פי ההערכות תידחה הפעלת הארכות והשלוחות בשלוש שנים לפחות.
בהסכם עם סיטיפס התחייבה המדינה, שהיא תמנע תחרות של מפעילי תחבורה אחרים ברכבת הקלה, בכך שלא תאפשר הפעלת קווי אוטובוסים במסלולים המקבילים למסלולה של הרכבת. התחייבות זו של המדינה חלה גם לעניין התכנון של קווי אוטובוסים עתידיים. הסכם זה מגביל את יכולת המדינה לשפר את השירות לציבור ולהיענות לצורכי המשתמשים בתחבורה הציבורית על-פי התפתחות העיר, הגידול באוכלוסייה והצרכים המשתנים והמעודכנים של הנוסעים, זאת בייחוד עקב הגידול המתמיד במספר הנוסעים ברכבת הקלה.
