אסירים ועצורים סובלים בבתי כלא ובמתקני מעצר מפגיעות פיזיות המתקרבות לכדי עינויים, גם אם זו אינה הכוונה של שירות בתי הסוהר. כך עולה (יום א', 12.5.19) מהדוח השנתי של הסניגוריה הציבורית על תנאי הכליאה בישראל, בעקבות ביקורים של נציגיה ב-29 מתקנים בשנים 2018-2017. מדובר בין היתר בכליאה מכאיבה ובשימוש בזרנוק מים נגד קטינים.
הסניגוריה אומרת, כי "התמונה המצטיירת בחלק מבתי הסוהר היא עגומה: החזקת כלואים בתנאי הפרדה ובידוד קשים; צפיפות בלתי נסבלת; שימוש לא מידתי בכבילה של אסירים ועצורים; תנאים קשים ברכבי ההובלה; שימוש מופרז ובלתי מידתי בכבילה; תנאים תברואתיים ירודים, מצב היגייני גרוע ובעיית מזיקים; תנאי אוורור בלתי נאותים ותחושת מחנק; מחסור בציוד בסיסי לאסירים; ליקויים בקשר לאיכות המזון וכמותו; ליקויים במתן טיפול רפואי הולם ועוד".
שטח המחיה הממוצע לאסיר עומד על שלושה מ"ר בלבד - שליש פחות משטח המינימום הקבוע בתקנות בתי הסוהר, ושליש מהשטח בממוצע במדינות מערביות. התקנות קובעות שכל תא יהיו לכל היותר ארבעה כלואים, אך ברוב התאים בארץ המספר גבוה יותר ובחלקם הוא אף מגיע לעשרה. למרות פסק דינו של בג"ץ משנת 2017, שטח המחיה עדיין לא הורחב כפי שנפסק. לכן ממליצה הסניגוריה לקדם חלופות מעצר ומאסר, ולהפחית את מספר המעצרים.
ב-16 מהמתקנים קיימים תנאי צפיפות קשים ביותר בחלק מן האגפים. בבית המעצר באילת יש פחות ממ"ר אחד לכל עצור. בבית סוהר אשל ניתן בקושי לעמוד או לשבת לצד המיטות; גודלו הממוצע של תא הוא 2.5 מ"ר, ונמצא תא בו שטח המחיה היה 2.2 מ"ר לאדם. בכלא נווה תרצה קיים תא בו יש 1.7 מ"ר לכל אסירה.
לדברי הסניגוריה, ליקויים מדאיגים נוספים קשורים לתשתית הטיפולית-שיקומית בשב"ס, והם מתבטאים במחסור בעובדים סוציאליים בחלק מבתי הסוהר, במחסור בקבוצות טיפול ושיקום לכלואים שאינם דוברי עברית ובליקויים הנוגעים למסגרות החינוך, התעסוקה והפנאי. "הליקויים בתחומים אלה אינם מתיישבים עם כלל מטרות הכליאה, שאינן רק הרחקה מן החברה כי אם גם הזדמנות לשיקום, למניעת חזרה עתידית על עבירות ולשילוב נורמטיבי בקהילה. כמובן, שיקום אינו אמצעי המועיל רק לפרט, האסיר, כי אם לחברה כולה, אשר יוצאת נשכרת ממניעה של עבריינות חוזרת", מדגישה הסניגוריה.
בשישה מתקני כליאה נמצאו ליקויים הנוגעים לאיכות הטיפול הסוציאלי, למחסור בכוח אדם ובמסגרות טיפול ושיקום לכלואים; בחמישה מתקני כליאה קיימת מדיניות של אי-מתן שירותי שיקום, חינוך ואף לא טיפול סוציאלי לכלואים ביטחוניים; בשבעה מתקני כליאה אין תוכניות חינוך, טיפול ושיקום לאסירים שאינם דוברי עברית; ב-12 מתקני כליאה התגלו ליקויים הנוגעים למסגרות החינוך והפנאי; ובתשעה מתקנים נמצאו ליקויים הנוגעים למסגרות התעסוקה.
שב"ס ממשיך לנקוט במדיניות לפיה כלואים ביטחוניים, לרבות קטינים ובגירים צעירים הזקוקים לטיפול ומביעים רצון לכך, אינם זוכים לתמיכה סוציאלית ואינם משולבים במסגרות טיפוליות, שיקומיות, חינוכיות ותעסוקתיות. מדיניות זו מהווה הפרה של פקודת בתי הסוהר, פוגעת באינטרס הציבורי - ונמשכת למרות ביקורת נוקבת של בית המשפט העליון בשורה של פסקי דין.
אנשי הסניגוריה נתקלו בליקויים במערך הליווי של האסירים והעצורים לבתי המשפט על-ידי שב"ס, כגון טלטולם בדרכים במשך שעות רבות, והארכת משך שהייתם במתקני המעצר שבבתי המשפט מעבר לנדרש להליך המשפטי בעניינם. בחלק ממתקני המעצר נמצאו צפיפות בלתי נסבלת בתאים; תנאי תברואה ואוורור ירודים ביותר; העדר תנאים הולמים לקיומם של מפגשי עו"ד-לקוח; והובלת אסירים ועצורים כשהם אזוקים לעיני הציבור הרחב, תוך פגיעה חמורה בכבודם.