למרות שבעשר השנים האחרונות עמד בראש עיריית ירושלים יזם ההיי-טק המצליח
ניר ברקת (כיום ח"כ מטעם הליכוד), מצבה הכלכלי של העיר התדרדר בהתמדה. קיימת סכנה שבתוך ארבע שנים לא ניתן יהיה להגדיר אותה כעירייה איתנה, וכבר כיום היא אינה במצב זה אם מורידים את המענקים הממשלתיים שהיא מקבלת. כך קובע (יום א', 2.6.19)
מבקר המדינה,
יוסף שפירא, בקובץ דוחות ליום ירושלים - האחרונים שהוא מפרסם לפני תום כהונתו.
"לצד הקפדה על ניהול מאוזן של התקציב וצמצום ניכר של הגירעונות המצטברים, עיריית ירושלים אינה איתנה מהבחינה הכספית ותלותה בממשלה הולכת וגדלה. המשאבים שברשותה למתן שירותים לתושביה נמוכים בהרבה מאלו שיש בממוצע לערי המטרופולין האחרות. המאפיינים הדמוגרפיים והחברתיים-כלכליים של העיר עלולים להביא להכבדה נוספת על תקציב העירייה ולהיחלשותה הכלכלית", קובע שפירא.
בשנת 2017 עמד תקציבה של עיריית ירושלים על 7.4 מיליארד שקל, מזה קרוב ל-5.6 מיליארד שקל בתקציב רגיל ו-1.8 מיליארד שקל בתקציב הבלתי רגיל. התקציב הרגיל מורכב בעיקרו מהכנסות עצמיות בהיקף של 3.2 מיליארד שקל, מהשתתפות משרדי ממשלה במתן שירותים ממלכתיים בהיקף של 1.6 מיליארד שקל וממענק שהעיר מקבלת מהממשלה (700 מיליון שקל).
בשנים 2002-1995 דורגה ירושלים באשכול 5 מבין 10 בדירוג הכלכלי-חברתי של הלשכה המרכזית לסטטיסטיקה. בשנים 2008-2003 דורגה באשכול 4, ב-2013 - באשכול 3, וב-2015 - באשכול 2. כלומר מ-2003 חלה הידרדרות במצב הכלכלי-חברתי היחסי של תושביה. ירושלים נמצאת במקום ה-13 בדירוג 14 הערים הגדולות במדדי איכות החיים, ובמקום האחרון במדד שביעות הרצון מאזור המגורים. כמו-כן, ישנם מדדים המצביעים על גידול ניכר בתחולת העוני של אוכלוסיית העיר ועל בעיות מבניות בכלכלה העירונית.
על-פי פקודת העיריות, עיריית ירושלים אינה יכולה להיחשב עירייה איתנה, משום שתפקודה השוטף תלוי במענק הבירה שהיא מקבלת מהממשלה. תקציבה של העירייה אומנם מאוזן, אולם ללא מענק הבירה היא הייתה נקלעת לגירעונות כבדים: בשנת 2007 היה שיעור המענק 6% מתקציב העירייה (197 מיליון שקל), ובשנת 2017 היה שיעורו 13% (700 מיליון שקל). תלותה של עיריית ירושלים במענקי הממשלה הולכת וגוברת, הדבר חושף אותה לסיכונים כלכליים ועלול להביא לפגיעה ביציבותה אם יקוצץ הסיוע.
סכום מענק הבירה נקבע מדי שנה במשא-ומתן בין העירייה לממשלה, ולא על יסוד אמות מידה ברורות. הדבר עורר בשנים האחרונות מחלוקות בין העירייה לבין משרד האוצר והביא לחוסר ודאות בתכנון הכספי. מבקר המדינה העיר על כך בעבר, אך הליקוי טרם תוקן. הדיונים בין נציגי משרד הפנים, משרד האוצר ועיריית ירושלים לקביעת אמות מידה נקלעו למבוי סתום.
כאמור, שפירא קובע, כי לצד תבחינים כספיים חיוביים, כמו איזון תקציבי, צמצום ניכר בשיעור הגירעון המצטבר ושיפור בשיעור גביית הארנונה, ישנם גורמים המסכנים את חוסנה הכספי של העירייה, כמו מגמה של ירידה עקבית בשיעור ההכנסות העצמיות שלה - קצב ירידה ממוצע של 1.3% בשנה. אם ירידה זו תימשך, עלולה עיריית ירושלים לרדת בתוך ארבע שנים אל מתחת לסף המגדיר רשות מקומית כאיתנה.
חוסנה הכספי של ירושלים מושפע לרעה מהעיכוב ביישום החלטות הממשלה על העברת היחידות הממשלתיות לעיר. כמו-כן מתעכבת בניית 6,000 חדרי אירוח בירושלים בהתאם להחלטת הממשלה. יישומן המלא של החלטות הממשלה היה צפוי להגדיל את הכנסות העירייה בעשרות מיליוני שקלים. נוסף על כך, על שטחים רבים במזרח ירושלים לא חל זה שנים הסדר מקרקעין, והדבר מסב לקופת העירייה נזק שנאמד במאות מיליוני שקלים. רק במאי 2018 קיבלה הממשלה החלטה להסדיר את המקרקעין במזרח ירושלים עד שנת 2025.
נמצאו ליקויים בניהולה הפיננסי ובתפקודה של עיריית ירושלים שאינם עולים בקנה אחד עם עקרונות של מינהל תקין, יעילות, חיסכון ושימוש זהיר בכספי הציבור. כך למשל, מועצת עיריית ירושלים אישרה לגייס קו אשראי בשווי מיליארד שקל מאחד הבנקים, לאחר פנייה אליו ולבנק נוסף לקבלת הצעה. העירייה לא בחנה חלופות נוספות לגיוס קו האשראי שהיו עשויות להביא לחיסכון של מיליוני שקלים מכספי הציבור.
מ-2009 לא עקבה עיריית ירושלים אחרי התשואה של שתי קופות הגמל המרכזיות להשתתפות בפנסיה תקציבית שבחרה. בשנים 2015-2012 הייתה תשואת אחת הקופות שבה נוהלו כספי העירייה התשואה הנמוכה ביותר; בשיאו היה הפער, בהשוואה לרובן, 10%. הקופה בעלת התשואה הנמוכה ביותר הוחלפה בקופה אחרת בשנת 2015. נכון לסוף שנת 2017 היו לעיריית ירושלים כ-80 מיליון שקל שנוהלו בחלוקה כמעט שווה בין שתי הקופות; המשמעות הכספית של אחוז אחד בתשואה שמשיאה קופת הגמל הוא 400,000 שקל.
המבקר מצא ליקויים חמורים בהליך התחרותי שקדם להתקשרות עיריית ירושלים ב-2017, בסכום של 2.3 מיליון שקל, עם חברת ייעוץ לביצוע עבודה בנושא "אתגר התקציב השוטף של עיריית ירושלים". לשני מציעים ניתן פרק זמן של יומיים להגיש הצעה, לעומת שבועיים שהיו למציע שזכה, ולכן אחד משני המציעים נמנע מלהגיש הצעת מחיר. עם המציע שזכה התקיימה פגישה מקדימה בנוכחות ברקת, מנכ"ל העירייה וכמה מעובדיה, ואילו עם המציעים האחרים לא התקיימה פגישה, אף שאחד מהם ביקש זאת. העירייה פגעה בעקרונות יסוד של הליכים תחרותיים כמו שוויון הזדמנויות, שקיפות, הוגנות כלפי כל אחד מהמתמודדים בהליך וחיסכון בכספי ציבור.