לנוכח הביקוש לתפילות הימים הנוראים, בבתי כנסת רבים שוקלים לוותר על נוכחות נשים בתפילות, כדי לאפשר הכנסת מתפללים לעזרת הנשים, ונשים שעל-פי ההלכה פטורות מתפילה במניין תתפללנה בבית. אולם הדרכה מצד הרב חיים קניבסקי, מזקני התורה בזמננו, עשויה לשנות את ההחלטה.
במענה לשאלה שנשאל בנושא, השיב: "לא, התפילה שלהן חשובה וצריכים אותה". הוא הורה למצוא פתרונות אחרים כדי להתפלל בלא חשש סכנה.
על שאלה בנושא הכנסת תלמידים לבידוד ענה: "אסור להקל ראש ולמהר להכניס את התלמידים לבידוד, לא ליחידים וכל שכן שלא לרבים - דבר שיכול לגרום לביטול בית המדרש, חס ושלום". בדבריו הדגיש הרב קניבסקי כי החובה מוטלת על ראשי הישיבות לאפשר את הלימוד בישיבות באופן שאין בו סכנה. "אשרי חלקם של מרביצי התורה שבזכותם לא פסקה ישיבה מארצנו, ועלינו להוסיף חיזוק בהיכלי התורה והחינוך", אמר.
כמו-כן השיב על כמה שאלות הלכתיות. כמה מהשואלים בקשו לברר בעניין ברכת הלבנה, שימים אלו הם הזמן האחרון לאמירתה בחודש אלול, האם מי שנמצא בבידוד יברך אותה בעת ששוהה בביתו מהחלון ושלא תחת כיפת השמים, או שימתין לזמן שמסתיימת תקופת הבידוד (לפני פקיעת המועד המותר), והשיב: "זריזין מקדימין" [כלומר, מוטב לקדש את הלבנה מהבידוד ולא להמתין לרגע האחרון, ע.י.].
אתמול (יום ב', 31.8.20), לראשונה מפרוץ המגיפה, שימש הרב קניבסקי כסנדק בבריתות מילה מצומצמות שנערכו בביתו. בתחילת השבוע אף בדק אתרוגים לחג הסוכות.