היועץ המשפטי ל
ממשלה,
אביחי מנדלבליט, ינחה את ועדת הבדיקה בפרשת הצוללות כיצד לפעול בלא לפגוע בתיק 3000 - ההיבט הפלילי של הפרשה. התיק מצוי לקראת שימועים לחשודים העיקריים, ובראשם אלוף (מיל') אלי מרום,
מיקי גנור ותת-אלוף (מיל')
אבריאל בר-יוסף.
גנץ הודיע למנדלבליט על החלטתו להקים את ועדת הבדיקה. לדברי משרד המשפטים (יום א', 22.11.20), "נוכח ההשקה בין נושאים שונים בעבודת הוועדה לבין החקירה הפלילית שנוהלה בפרשה המכונה פרשה 3000, היועץ המשפטי יעביר את הנחייתו המשפטית לגבי עבודת הוועדה ושדות פעילותה, בשים לב לצורך למניעת פגיעה בהליכים פליליים תלויים ועומדים, שעל-פי דין הוא השיקול הגובר והעיקרי".
המגבלות שיטיל מנדלבליט עשויות לטרפד במידה רבה את עבודת הוועדה. הוא צפוי למנוע ממנה לזמן לעדות את החשודים בפרשה ואולי גם את העדים העיקריים, וימנע ממנה לקבל מסמכים העשויים לשמש כראיות בתיק. הוא גם צפויה להגביל את פעילותה לצד המינהלי של הרכש כפי שנוהל בצה"ל ובמשרד הביטחון, ללא כל עיסוק בהיבטים הפליליים.
במרכז החקירה הפלילית עומד החשד לפיו גנור, שהיה נציג קונצרן טיסנקרופ (יצרן הצוללות וכלי השיט) בישראל, שיחד בכירים בחיל-הים ובמערכת הביטחון כדי לקדם את ענייניו של הקונצרן. גנור חתם על הסכם עד מדינה, אך חזר בו וכעת ניצב גם הוא בפני כתב אישום. כתב החשדות הראשון נשלח בדצמבר 2019, והשני - בפברואר השנה.
מרום ("צ'ייני"), לשעבר מפקד חיל-הים וכיום יו"ר רשות שדות התעופה, חשוד בלקיחת שוחד,
הלבנת הון ועבירות מס. גנור חשוד בהצעת שוחד, מתן שוחד, הלבנת הון, עבירות מס ועבירות על חוק המפלגות. עו"ד
דוד שמרון, בן-דודו ופרקליטו של ראש הממשלה,
בנימין נתניהו, חשוד בהלבנת הון.
דוד שרן, לשעבר ראש לשכת ראש הממשלה וכיום מזכיר חברת קצא"א, חשוד בלקיחת שוחד, הפרת אמונים, הלבנת הון ועבירה על חוק המפלגות.
השר לשעבר
מודי זנדברג ומי שהיה יו"ר קרן היסוד, חשוד בלקיחת שוחד, הלבנת הון, מרמה והפרת אמונים ועבירות מס.
רמי טייב, שהיה יועצו הפוליטי של השר
יובל שטייניץ, חשוד בתיווך לשוחד. יועץ התקשורת צחי ליבר: חשוד בהלבנת הון וסיוע לעבירות מס. בר-יוסף, שהיה ראש מספן ציוד בחיל-הים והמשנה לראש המטה לביטחון לאומי, חשוד בקבלת שוחד, בקשת שוחד ומרמה והפרת אמונים. תת-אלוף (מיל')
שי ברוש, שהיה ראש מספן מודיעין, חשוד בבקשת שוחד, לקיחת שוחד, עבירות מס והלבנת הון.