האם יוכל סער להרכיב ממשלה עם המפלגות הדתיות? בהודעה שפרסמה (יום א', 17.1.21) מפלגת תקווה חדשה, נכתב כי "ממשלת תקווה חדשה בראשות גדעון סער תפעל למען זכויות הקהילה הלהט"בית, במעשים, כחלק מתפיסת עולם ליברלית. לא ככלי להפקת רווחים פוליטיים".
הדברים באים בעקבות תשובתו בראיון לידיעות אחרונות לשאלה האם כראש ממשלה יאפשר נישואי להט"ב בישראל: "הנושא של שינוי סטטוס-קוו בנוגע לנישואים וגירושים בישראל הוא כבד מאוד. לא אתן בקלות דעת התחייבות שלא אוכל לעמוד מאחוריה". ארגונים להט"ביים גינו את סער על דבריו.
בתקווה חדשה מונים החלטות פרו-להט"ביות שאותן קיבל סער בהיותו שר, ואומרים: "במסגרת כל תפקידיו הממלכתיים קידם גדעון סער את זכויות הקהילה הגאה. כשר פנים, אישר בהחלטה תקדימית שיהודים יוכלו לעלות ארצה עם בני זוג חד-מיניים לפי חוק השבות. שינוי אמיתי, לא סיסמאות. כשר חינוך הכיר לראשונה בהתנדבות תלמידים בארגון הנוער הגאה (איגי) ובכך השווה את מעמדו למעמד תנועות נוער אחרות. כשר חינוך החליט עוד, כי בבתי הספר בישראל יצוין היום הבינלאומי למאבק בהומופוביה בפעילות חינוכית מתאימה".
בהיותו שר החינוך קרא סער למנהיגים ולאנשי הציבור להיאבק בהומופוביה, אותה כינה "רעה חולה ומרעילה" עד למיגורה. "הקהילה של ההומואים הלסביות הטראנס והבי היא אחת הקהילות התורמות ביותר למדינת ישראל בתחומים רבים ומגוונים - בתרבות באמנות במערכת המשפט, החינוך ובצה"ל. אם היא יוצאת דופן, זה ניכר בכשרונותיה", אמר סער והוסיף: "יש לכל אחד ואחת מחברי הקהילה את הזכות הבסיסית לחיות את חייו בלי פחד ובלי להיות יעד לשנאה, לביזוי ולגינוי - ואנחנו כולנו נגן על הזכות הזאת".