לוחות הזמנים של עסקות הצוללות וקשריו העסקיים של בנימין נתניהו עם בן-דודו, נתן מיליקובסקי, אינם תומכים בחשד לפיו נתניהו פעל ממניעים מושחתים בנוגע לצוללות. כמו-כן, אין רמז על קשר ישיר בין מיליקובסקי לבין טיסנקרופ (יצרנית הצוללות), ולפיכך אין למצוא מוטיבציה פסולה של נתניהו בעסקה זו. כך אומר (יום ב', 25.1.21) שופט בית המשפט העליון, יצחק עמית, בדיון בעתירות המבקשות להורות לפתוח בחקירה נגד נתניהו בפרשת הצוללות - לאחר שהיועץ המשפטי, אביחי מנדלבליט, קבע שאין ראיות לכאורה המצדיקות חקירה כזו.
עמית הקשה ממושכות בנוגע ללוחות הזמנים על עו"ד אליעד שרגא, יו"ר התנועה לאיכות השלטון, והעיר שהתקשה לקבל ממנו תשובה לגבי הציר המחבר בין נתניהו לבין העובדה שמיליקובסקי היה בעל מניות מיעוט בחברה שסיפקה פלדה לטיסנקרופ. נתניהו החזיק מניות בחברה שבבעלות מיליקובסקי ומכר אותן ברווח ניכר.
לצד זאת אמר עמית, כי ההחלטה על רכישת הצוללת השישית התקבלה בתקופה בה היה קשר בין מיליקובסקי לבין טיסנקרופ. נציגת המדינה, עו"ד שוש שמואלי, השיבה: "היה מי שחשב שהיא נחוצה", והוסיפה שלא נמצאו ראיות שיצדיקו חקירה פלילית בנושא. "עצם קבלת טובת הנאה לא מספיק. זה לא מרים את התשתית של חשד לביצוע עבירה", הדגישה. בהמשך אמר עמית: "התמונה הכללית שעולה כאן שמשרד הביטחון זז הצידה והכל נעשה על-ידי המל"ל, כשהמל"ל מופעל על-ידי ראש הממשלה".
השופט נעם סולברג הזכיר כבר בתחילת הדיון, כי בחקירת פרשת הצוללות הושקעו משאבים רבים, "בסופו של דבר - לא בכדי אומרת הפסיקה שאנחנו לא יועץ משפטי-על, לא יכולים לומר הנחיה כזו או אחרת". לכן, הוסיף, על העותרים להראות מהם הפגמים שנפלו בחקירה והמצדיקים התערבות כמעט חסרת תקדים של בג"ץ. ואילו עמית אמר, בהתייחסו לבקשה להקים ועדת חקירה ממלכתית, שאין תקדים לכך שבג"ץ נותן הוראה כזאת.
השופט ניל הנדל העלה את האפשרות, שבית המשפט יורה לממשלה לדון בהקמת ועדת חקירה מבלי לכבול את ידיה לגבי ההחלטה שתקבל. הוא הוסיף: "גם היועץ המשפטי לא אומר שהכל היה לעילא ולעילא. אך יש את העניין, שמתנהל משפט פלילי. חלק מהעדים הרלוונטיים [בוועדה] הם בעצם נאשמים. השאלה היא אם זה העיתוי לעשות את זה". לדברי הנדל, לא ניתן להעמיד את הדברים למשפט הציבור, בשל רגישותם וחוסר היכולת לחשוף את כל הפרטים. "אם יש בעיה, יש לתקן. גם היועץ המשפטי לא מוכן לומר שאין בעיה".
בא-כוחו של נתניהו, עו"ד יוסי כהן, יצא נגד התצהירים של בכירי מערכת הביטחון לשעבר שהגישה התנועה לאיכות השלטון: "אני בספק אם הם ראויים לשם תצהירים; אני מכיר את המונח הזה כמסמך שבא להעיד על עובדות. עיון בתצהירים מראה שמודבר על דעות, לא בעובדות. כל הדעות, על התצהירים, אולי 95% מהם מבוססים על פרסומים בתקשורת. 80% מהם הן דעות של נותני התצהירים. באף אחד מהתצהירים לא הובאה אפילו עובדה אחת. אחת, שיכולה הייתה לשנות את חוות דעת היועץ המשפטי". כהן הוסיף: "חלק נכבד מהמצהירים הם בעלי אג'נדות פוליטיות שמנסות להפיל את ראש הממשלה".
כהן הציג נתונים כספיים חדשים על המניות שהחזיק נתניהו. לדבריו, נתניהו שילם 600,000 דולר מכיסו תמורתן, ולאחר מכן נטל הלוואה של 1.1 מיליון דולר - כך שבסך-הכל השקיע 1.73 מיליון דולר. לדבריו, אחרי פרעון ההלוואה ותשלום מס, עמד הרווח של נתניהו על 8 מיליון דולר - מחצית מן הסכום הנטען בעתירות.